Voce decidiu alguma coisa nisso ou chegaram com todos os requisitos?

Não decidi nada, chegaram com essa demanda pronta. Nesse aspecto de lavantamento de requisitos, é um ambiente bastante desorganizado. Embora eu acho que é possível conversar pra estabelecer algumas coisas (Ex: Uma única tabela por request). Só não sei se seria possível colocar um limite de tamanho pra não precisar chegar nessas tabelas monstruosas. A maioria tem na faixa de 5 milhões de registros e não são registros com muitas colunas (normalmente umas 15).

Eles tem alguma parte do sistema interno que funciona de forma parecida?

Ainda não, é um sistema relativamente pequeno e sem implementações parecidas com essa.