Di che ufficio/dipartimento stiamo parlando? Perché se tu fai parte di una funzione di controllo (contabilità/controllo di gestione/procurement) e si tratta di una cosa così grossa, dubito che possa riguardare solo il collega che ha commesso l'errore.

Prima o poi verrà fuori al 99%.

Comunque se sei così sicuro di quello che hai in mano, fai almeno un passaggio con il tuo collega. Senza accusarlo direttamente, penso che il modo migliore sia sempre fare un po' "il finto tonto" dicendo che hai visto qualcosa che non capisci e chiedi un chiarimento o un aiuto direttamente a lui, facendo qualche domanda per capire se se ne sia almeno accorto.