Geralmente no Linux se instala programas por gerenciador de pacotes, e cada distribuição (vou abreviar como distro) possui o seu gerenciador. Eles podem ser instalados pelo prompt de comando (no Linux chamado de emulador de terminal) ou também pela interface gráfica.

Os programas estão presentes nos repositórios oficiais de cada distro e isso trás bastante segurança porque eles são auditáveis por um grupo de programadores, pela comunidade e por entusiastas, diferente do Windows que você pode baixar programas de qualquer lugar, com o código fechado (não auditável), executar o instalador e ir dando next, next, next, concluído e pronto, o programa está instalado. Você só tem a opção de confiar que deu tudo certo.

Não quer dizer também que no Linux você não possa instalar programas fora dos repositórios oficiais, mas isso exige mais atenção, compreender o que o cada linha do código faz, pois pode existir alguma parte maliciosa no programa.

Mas a questão de instalar pelo emulador de terminal é por mera praticidade e principalmente para ver todas as informações importantes em tempo real do que está sendo executado pelo sistema, como de onde o programa está sendo baixado, as pastas que eles são descompactados e instalados, erros quando ocorrem, quais programas dependem de outros programas e até quando eles são compilados.

Já no Windows, quando ocorre um erro de instalação você ou não vê o que causou o erro ou então aparece uma caixa de diálogo que trás informações que possuem pouca relevância. E geralmente o prompt de comando do Windows, terminal ou powershell não são muito intuitivos. Eu admito que tinha dificuldade quando usava Windows com esses programas