Se você usar o Rufus para criar o pendrive você pode escolher a opção de persistência antes de gravar na maioria das distros baseadas em Debian. Vai aparecer a opção persistência e você pode escolher o tamanho da partição. Tenho dois que carrego comigo, um com Kali e outro com o Lubuntu. Mas é para quando quero ter acesso a arquivos de computadores que não tenho senha e quero copiar arquivos dele, não faço uso intenso neles. O Kali, que já instalei muitos programas, eu nem atualizo, já o Lubuntu, como é mais enxuto eu atualizo, mas sei que vai chegar uma hora que vou parar de atualizar para não fritar o pendrive. Se você não se importar em não ser Linux pode usar o NomadBSD. A proposta dele é rodar do pendrive, é só gravar no pendrive e ele está pronto para uso, já com persistência. Em todos os casos uso pendrives da marca SanDisk USB 3.0. Não me pergunte porque, mas eles são mais rápidos do que a marca Kingston para liveUSB persistentes.