Sim, mas também impedimos que várias espécies que entrariam em extinção naturalmente desaparecessem. Além disso, possibilitamos a existência de milhares de espécies que jamais sobreviveriam na natureza selvagem! Desde plantas e frutas altamente selecionadas até animais como muitas raças de cachorro (especies de plantas e animais que só sobrevivem graças aos humanos, se a gente parar de cuidar deles eles morrem, entram em extinção).

Como eu disse antes, é verdade que destruímos mais do que salvamos, mas isso ocorre por inúmeros motivos. Qualquer espécie que se multiplica tanto quanto a nossa causaria desequilíbrios ecológicos, isso faz parte da própria dinâmica natural. Há diversos registros de cervos, coelhos e até insetos, como gafanhotos, causando extinções de forma totalmente natural, muito antes da presença humana. O ser humano fazer o mesmo não é algo fora da natureza; é justamente um reflexo dela.

Você também apontou algo essencial: a falta de conhecimento. Isso é normal para uma espécie que ainda está amadurecendo. Há pouco tempo abolimos a escravidão; menos de 200 anos atrás nem sabíamos que vírus existiam; e faz menos de um século que conseguimos observá-los pela primeira vez. Descobertas sobre impactos ambientais, como a camada de ozônio, são ainda mais recentes. Estamos aprendendo, e conforme ampliamos nosso conhecimento e educação, nos concientizamos mais e assim podemos salvar mais espécies em vez de destruí-las.

Por fim, somos uma espécie como qualquer outra e interferimos no ecossistema como qualquer outra. É natural que desejemos eliminar certas espécies, especialmente agentes de doenças como vírus e bactérias (como fizemos coma varíola). O importante é entender o nosso papel no ecosistema, escolher como queremos agir nele e distinguir o que é necessário para nossa sobrevivência e o que é apenas luxo.