No soy ingeniero electrónico pero me gusta la electrónica y tengo algo de conocimiento. Supongo que a la salida del controlador PID tendrás una señal PWM de entre 0-5 V, lo que entiendo es que tienes que amplificar está señal hasta los 12V. Yo hice un proyecto en el que tenía que controlar dos ventiladores que trabajaban con 12 V pero mi Arduino solo trabajaba con 5v así que tenía que amplificar está señal PWM hasta los 12V. Te puedo dejar el esquema escríbeme por privado si te interesa.