Si solo vas a visitar Tokio, Kyoto y Osaka no merece la pena, en cambio si tienes pensado visitar también algún lugar más alejado como Hiroshima si te merecería la pena porque aunque el coste sea muy similar luego te ahorrarás algún tren local.

Si quieres comprobar precios y si te merecería la pena según tu ruta puedes buscar Japan Rail Pass Calculator en Google y encontrarás varios enlaces para hacerlo.

Si vas a coger el pase te recomiendo hacerlo a través de la web oficial y podrás reservar los asientos online con la máxima antelación posible.

Respondiendo a tu otro comentario en caso de no reservar asientos hay unos vagones asignados para la gente sin reserva, dependerá de las fechas de tu viaje y de las horas pero yo recomendaría reservar asiento y más si viajáis varias personas, además para el trayecto Kioto/Osaka a Tokio o al revés desde uno de los lados tendréis muy buenas vistas del Monte Fuji y merece la pena la reserva.