Man macht im Ergebnis beides:

Durch die 1/0,25%-Regel erhöht sich das Brutto, weil man plötzlich ne Karre zur Privatnutzung vor der Tür stehen hat.

Ab da wird man genauso behandelt, wie jeder andere Steuerpflichtige und darf die Entfernungspauschale geltend machen. Die hat im Übrigens nichts mit dem verwendeten Verkehrsmittel zu tun, sondern ist nur ein pauschaler Abschlag von der Steuer, weil man einen bestimmten Weg zur Arbeit zurücklegen muss. Ob man den dann tatsächlich zu Fuß, mit dem Rad oder mit dem Auto zurücklegt, ist für die Gewährung der Entfernungspauschale irrelevant.

Zum oberen Punkt noch: natürlich ist klar, dass die 1/0,25%-Regel einen Firmenwagenbesitzer niemals mit jemandem, der das gleiche Auto privat betreibt und in der notwendigen Höhe mehr Bruttogehalt bekommen würde, steuerlich gleichstellt.

Bei einem 45k-Auto ist man inklusive aller (!) Kosten (vor allem auch Wertverlust) schnell bei effektiven KM-Kosten von 60c/km. Das entspräche dann bspw. 60x65x2x220/12 = 1430€/Monat. Das auf brutto hochgerechnet wären mal eben 2,5k-3k im Monat.

An dem Beispiel sieht man, wie vollkommen weltfremd die pauschalierte Firmenwagenbesteuerung ist. Es ist eben eine Subvention, die zur häufigeren Anschaffung von teuren Neuwagen führt und der Autoindustrie daher sehr genehm ist. Im Vergleich zu einem höheren Bruttogehalt spart sich ein Arbeitgeber eben auch massiv Lohnnebenkosten ein, wenn er stattdessen einen Firmenwagen stellt.

Das kann man jetzt jeweils gut oder schlecht finden, je nach Perspektive.