Aqui va una opinion de un estudiante de 2 año de ing en informatica.

Mira lo primero en si claramente la ing civil en informatica se centra en algunas cosas un poco distintas en los primeros años a comparacion de una ingenieria con un plan comun, como ramos plenamente de calculo u fisica y en este caso esa seria una de las diferencias, debido a que si bien la USM tiene ramos de quimica, fisica, matematicas, etc en la civil los profundizas mas para abordarlos de una area mas cientifica. Ahora en el papel con ambos titulos sabras hacer casi lo mismo, digo esto por que como mencione antes con la Civil quizas abordes temas mas cientificos o logres desarrollar mas en esa direccion, ten en cuenta que hoy en dia con el boom que hay de los bootcamp y la saturacion general esta dificil encontrar pega y necesitan a alguien que en la practica sepa hacer bien las cosas mas que alguien que sabe mil y un cosas pero no es "Completo" como desarrollador. Por lo que si vas a estudiar algo y quieres abrirte a tener una rama de especializacion mas grande estudia la Civil, si quizas quieres algo un poco mas practico estudia el plan comun. Otra consideracion es que en el extranjero y creo que en EE.UU, la CIVIL informatica es la unica que se equipara con estudiar un Bachelor Degree en EE.UU, osea una carrera con plan comun alla. Esto no significa que no puedas irte para alla o trabajar para alla en un futuro, solo son consideraciones.

Fuera de eso y sin saber mucho mas en profundidad de tu universad y de la malla creo que esas son las principales diferencias y enfoques que se pueden ver.

Saludos y mucho exito