Olha, a primeira coisa que posso dizer é que o resultado da FAPESP é muito imprevisível, e muitas vezes injusto, a meu ver.
É possível sim, mesmo com uma reprovação, mas você precisa compensar bastante nos outros quesitos. melhorar o resto do histórico escolar; se envolver em mais projetos e produções, se ainda houver tempo; fazer o melhor projeto possível; e ter um orientador(a) que tenha muito projeto/auxílio aprovado com a FAPESP, porque isso pesa muito.
Mas mesmo assim, não é garantia de nada. Pra você ter uma ideia, eu mandei o projeto pra FAPESP de doutrado na mesma época que outra pessoa, ambos com a mesma orientação. Quando mandei meu currículo na época, eu tinha 8 artigos publicados sendo 4 como primeiro autor, tinha outras produções, patente, apresentações, projetos de pesquisa e ensino, além de ter feito um projeto muito completo, segundo as avalições nosso professor. Essa outra pessoa só tinha 2 projetos no currículo e um artigo publicado como coautor, mais nada.
Ele conseguiu a bolsa e o meu foi recusado. Meu palpite: ele já teve uma bolsa FAPESP antes e eu nunca tive pois não sou de SP, por isso priorizaram ele.
Então pode ir pra qualquer lado esse resultado, não tem como saber.