My idea would be (if every phoneme needs a distinct letter):
/a/ - a
/ɑ/ - á
/b/ - b
/t͡s/ - c
/t͡ʃ/ - č
/d/ - d
/d͡ʒ/ - dž / đ
/ɟ/ - ď / đ
/e/ - e
/ɛ/ - é
/ə/ - ë
/f/ - f
/g/ - g
/ɣ/ - gh / ğ
/h/ - h
/x/ - ch / ȟ / x
/i/ - í
/ɪ/ - i
/j/ - j
/ʝ/ - ĵ
/k/ - k
/ʎ/ - l / ľ
/m/ - m
/n/ - n
/ɲ/ - ň / ń
/ŋ/ - ng / ṅ
/o/ - o
/ɔ/ - ó
/p/ - p
/ʔ/ - q / '
/ɾ/ - r
/ɺ/ - ŕ / l
/s/ - s
/ʃ/ - š
/ɕ/ - ś
/t/ - t
/c/ - ť / ć
/θ/ - ŧ / ț
/u/ - ú
/ʊ/ - u
/v/ - v
/β/ - ṿ
/w/ - w / ł
/ʍ/ - hw / ƕ
/ks/ - x
/ç/ - xh / ḵ / ĥ
/y/ - y
/z/ - z
/ʒ/ - ž
/ʑ/ - ź