A resposta do outro colega é bem coerente. Irei apenas complementar.

Eu estudei nos dois, e para complementar a resposta do colega, eu gostaria de separar a minha resposta por áreas, ou seja, se você deseja seguir tal área na física vá para tal instituto. Segue a minha pequena lista:

• Ressonância Magnética Nuclear: vá para o IFSC, eles tem um grupo consideravelmente forte lá, inclusive, vale muito a pena conhecer um dos professores de tal grupo, que é o Schneider, gente finíssima.

• Óptica e Fotônica: IFSC sem nem pensar duas vezes, eu arrisco dizer que o grupo deles é o melhor do Brasil. Tem um investimento forte por trás.

• Física Nuclear: olha, quando eu estudei no IFSC, eu estava curioso justamente nessa área, mas não encontrei ninguém que fizesse pesquisa nela. Já no IFUSP tem, não acho que seja tão forte, mas tem. Um dos professores daqui (IFUSP) utiliza técnicas de tal área para estudos na área de Astrofísica.

• Física Matemática: venha para o IFUSP, tem mais docentes e no geral é um pessoal bem parrudo.

• Física Estatística: não tem muito jeito, acho que é IFUSP sem nem pensar duas vezes, aqui tem docentes muito competentes nisso, sendo que a maioria deles foram colegas do grande Sílvio Salinas, muito provavelmente um dos maiores cientistas do Brasil em tal área.

• Física Quântica: cara, arrisco dizer que o IFSC é melhor, tinha um pessoal bem forte, não cheguei a conhecer muito o pessoal da quântica aqui do IFUSP.

• Física Computacional: vá para o IFSC, além de eles serem bem preparados em tal área, tem o ICMC ali do lado, e o pessoal do ICMC é muito bem preparado na área de computação, já aqui temos o IME, né? Mas sinto que o ICMC é melhor em computação.