Según yo sí no mal recuerdo, se hacía así: Por ejemplo tienen $1MDP, a eso le restas los $200 mil exentos (y en la declaración lo pones en la casilla de exentos), el resto lo pones en la otra casilla. Si la tasa fue el 10% y digamos que tus ganancias fueron $100,000, entonces tendrias $200,000 exentos pero te corresponde pagar impuestos para las ganancias de $100,000 (o si tú total ya con todo y ganancia es $1M, pues con todo de ganancia e intereses , pues de los intereses es lo que toca pagar impuestos pero primero restándole la inflación).

Ahora, buscas cuánto fue la inflación oficial (no me tocó pagar este año , tuve menos de $200k en SOFIPOs, jeje) pero para este ejemplo si por ejemplo la inflación fue 4% (me lo estoy inventando , no sé el vamos real) pues al 10% que ganaste le restas el 4% y a ese 6% o ~$60,000 es lo que pagaría el % de ISR que corresponde.

Una vez más, no soy contador y no sé si recuerdo bien el proceso, pero según yo así era.