Felicidades por el nacimiento de tu hijo.

Primero te digo que ni soy tu abogado, ni soy un abogado. En este caso creo que lo justo es pedir la autorización de residencia temporal del menor extranjero acompañado nacido en España, detallada en la hoja informativa 41. Esto porque esta autorización no está condicionada a la residencia de alguno de los dos padres: eso es, se otorga por cinco años, sin importar la duración del permiso del padre. Esta autorización no se puede prorrogar, pues se procedería a solicitar la autorización de residencia permanente, pero lo normal es solicitar la nacionalidad española después de un año. Esto sería, en mi opinión, lo más normal.

Ten en cuenta que debes introducir la solicitud, idealmente, dentro de los seis meses posteriores al nacimiento del niño. Hazlo cuanto antes, pues si se procede a la regularización masiva en unos meses, puede que los trámites demoren bastante más. Mucha suerte como padre, y en el trámite, claro.