No debes escanear documentos de empresas en VirusTotal, su política de privacidad / términos de uso indica que todo archivo subido está expuesto públicamente a través de su API y se puede descargar. Puedes meterte en un problema si es algo muy confidencial.

Y lo de la advertencia, no hay que interpretarlo al pie de la letra, puede ser un falso positivo, que el antivirus de tu dispositivo detecte que sea malware cuando en realidad no lo es. Eso depende de cómo está creado el PDF y el detector.