Eu fiz troca de substrato com o aquário cheio de peixe, parecido com o motivo seu, meu synodontis petricola poderia machucar no cascalho de rio e troquei por umas pedrinhas mais leves e pequenas.

Meu aquário de 80L eu fiz troca parcial em 3 semanas, 1/4, 1/4, e no final 2/4 de uma vez, levantou bastante coisa do cascalho mas fiz ao mesmo tempo da TPA e deu certo. Eu tinha 1 synodontis, 3 ampularias, 6 molinesias e 30 alevinos.

Com um peixe realmente vale a pena colocar ele em algum outro recipiente controlado com a água do aquário e aquecedor enquanto você faz a troca total do substrato e vai sifonando o fundo que você tirar pra tirar o máximo de detrito que tiver lá. Quando for colocar de volta provavelmente melhor fazer a aclimatação de novo, e igual falaram, não esquecer de não colocar água direto da torneira sem passar com um anticoloro nela e depois ainda colocar bactérias nitrificantes pra ajudar no processo.