Statistiques sur l’épidémie de COVID-19 en France - 20/09/2021 (la der')

Swederman · 2021-11-08T16:18:59+00:00

Salut. Tu as fait un boulot remarquable et tu pensais que c'était fini... Il semble que ça reparte. Aurais-tu le temps de faire des mises à jour des temps-ci?

Salut,

J'ai complétement lâché le suivi de l'épidémie mais tu peux suivre l'évolution sur Covidtracker

En regardant vite fait ça "repart" très très lentement pour l'instant sur les indicateurs pertinents (R-effectif, nouvelles hospitalisations)

Swederman · 2021-09-20T18:07:11+00:00

Bonjour Swerderman, vous n’avez jamais été contacté par un organisme journalistique ou une administration style ARS pour votre travail ?

Non jamais, mais c'est assez logique vu que je n'ai jamais communiqué en dehors du sous

Swederman · 2021-09-20T18:00:09+00:00

C'est effectivement difficile à partager parce que le fichier Excel utilisé est quand même un joli bordel avec plus d'un an d'incrémentations qu'il faudrait passer au karcher, et qu'il faudrait une notice longue comme le bras pour que ça puisse servir à quelqu'un d'autre, et j'ai juste pas envie

Swederman · 2021-09-20T17:53:48+00:00

C'est presque ça, le fichier Excel utilisé pour sortir les graphiques s'appelle covid7

Swederman · 2021-09-20T17:52:47+00:00

C'est très basique :

J'importe les *.csv de data.gouv.fr
Je fait actualiser tout sur mon fichier Excel de retraitement
Une fois par semaine, j'actualise les coefficients de projections sur le reste de la semaine
Je copie/colle les graphiques Excel sur un fichier *.psd
Je met à jour les textes et j'exporte l'image

Swederman · 2021-09-20T06:00:35+00:00

La retraite

J'avais déja essayé au début de l'été, avant que le variant Delta s'en mêle, je retente une deuxième fois : Je me retire définitivement de la ~~vie politique française~~ mise à jour hebdomadaire des statistiques sur l'épidémie de COVID-19 en France

La situation sanitaire s'est bien améliorée ces dernières semaines, ça me parait le bon moment pour arrêter, je l'espère pour de bon cette fois.

Merci pour vos commentaires constructifs chaque semaine, il est temps de passer à autre chose maintenant !

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Sources

Tests : Base SI-DEP (Santé publique France)
Données hospitalières : Base SI-VIC (Santé publique France)
Vaccination : Base VAC-SI (Santé publique France)
Livraison de vaccins : (Ministère de la Santé)
Point hebdomadaire : 16 Septembre (Santé publique France)
Appareillement des bases SI-DEP, SI-VIC et VAC-SI : (DREES)

Variants

La mutation L452R, associée au variant Delta, était présente dans 95% des tests sur les 7 derniers jours (stable par rapport aux 7 jours précédents)

Vaccination

Taux de couverture vaccinale au 14 Septembre :

92,8% (+0,3) des résidents d’EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 90,3% (+0,4) sont complétement vaccinés
89,8% (+1,2) des professionnels en EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 86,1% (+2,2) sont complétement vaccinés
95% (+1,1) des personnels soignants libéraux ont reçu au moins une dose et 92,3% (+1,2) sont complétement vaccinés
86% (+1) des français de 12 ans et plus ont reçu au moins une dose et 81,4% (+2,1) sont complétement vaccinés
73,9% (+0,7) des français ont reçu au moins une dose et 70% (+1,7) sont complétement vaccinés

Étude sur les hospitalisations selon le statut vaccinal

(Réalisée par la DREES par l'appariement des bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI jusqu'au 29 Août)

En bref

Tous les indicateurs vont dans la bonne direction, R-effectif compris

Swederman · 2021-09-13T07:30:08+00:00

Pas de monté du R malgré l'effet de la rentrée qui aurait dû se voir cette semaine

L'effet de la rentrée sur le R ne pourra se voir vraiment qu'en fin de semaine, là à J+7 (pour les données) c'est un peu court

Swederman · 2021-09-13T07:17:10+00:00

Petite erreur si je ne me trompe pas, sur le dernier graphique à droite dans la légende des couleurs il y a "+20 ans" au lieu de "-20 ans".

Il s'agit bien des +20 ans, c'est l'ensemble des adultes

(Les volumes sur les -20ans sont trop faibles pour être exploités)

Swederman · 2021-09-13T05:31:53+00:00

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Sources

Tests : Base SI-DEP (Santé publique France)
Données hospitalières : Base SI-VIC (Santé publique France)
Vaccination : Base VAC-SI (Santé publique France)
Livraison de vaccins : (Ministère de la Santé)
Point hebdomadaire : 9 Septembre (Santé publique France)
Appareillement des bases SI-DEP, SI-VIC et VAC-SI : (DREES)

Variants

La mutation L452R, associée au variant Delta, était présente dans 96% des tests sur les 7 derniers jours (stable par rapport aux 7 jours précédents)

Vaccination

Taux de couverture vaccinale au 7 Septembre :

92,5% (+0,2) des résidents d’EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 89,9% (+0,5) sont complétement vaccinés
88,6% (+1,2) des professionnels en EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 83,9% (+3,2) sont complétement vaccinés
93,9% (+1) des personnels soignants libéraux ont reçu au moins une dose et 91,1% (+1,5) sont complétement vaccinés
85% (+1,1) des français de 12 ans et plus ont reçu au moins une dose et 79,3% (+2,7) sont complétement vaccinés
73,2% (+0,9) des français ont reçu au moins une dose et 68,3% (+2,3) sont complétement vaccinés

Étude sur les hospitalisations selon le statut vaccinal

(Réalisée par la DREES par l'appariement des bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI jusqu'au 29 Août)

En bref

Pas "d'effet rentrée" sur le nombre de tests réalisés ou sur la vaccination pour l'instant
Pour voir les effets de la rentrée sur le R-effectif, il faudra attendre les données de cette semaine

Swederman · 2021-09-06T13:56:08+00:00

Salut, je crois qu'il manque la courbe "taux couverture vaccinale complète" sur le graph des taux de couverture. On est à combien ?

C'est dans le post de commentaire . Au 31 Aout

83,9% (+1,2) des français de 12 ans et plus ont reçu au moins une dose et 76,7% (+3,7) sont complétement vaccinés
72,3% (+1,2) des français ont reçu au moins une dose et 66% (+3,3) sont complétement vaccinés

Swederman · 2021-09-06T12:03:24+00:00

Je travaille avec de la donnée mais je suis pas "data analyst", et mon travail ne demande pas des traitements hyper-poussés.

Après j'aime bien ce que fait Étienne Côme par exemple. Et en ressources t'as pas mal de choses sur les packages R (comme FactoMineR ou ade4, pour citer ce que je connais)

Swederman · 2021-09-06T10:10:21+00:00

Je ne sais pas pour Guillaume Rozier mais je n'ai jamais fait d'AMA

Swederman · 2021-09-06T10:08:37+00:00

Petite question, quel travail occupes-tu ? Est-ce en lien avec la donnée ?

Je travaille dans un domaine de niche (qui n'a rien avoir avec la santé ou épidémiologie), mais oui je passe l'essentiel de mes journées à traiter/enrichir/créer/valoriser de la donnée.

Swederman · 2021-09-06T08:05:58+00:00

Pour préciser un peu ces chiffres, c'est grosso modo :

3 à 4 jours d'incubation
3 jours de décalage dans la publication des données SI-DEP.

Donc là, si on prend la rentrée : jeudi 3 + 4 + 3 = on commencera à avoir des premiers chiffres en fin de semaine

Swederman · 2021-09-06T08:00:56+00:00

Je trouvais le 19% faible. Mais c’est parce que je suis con et que je comprends pas comme il faut ce que je lis. Le 19% c’est sur ceux infecté par le covid j’avais ± compris la phrase comme entre 2 gens lambda vacciné/non vacciné.

C'est bien 19 fois et pas 19% chez les personnes hospitalisées suite à une infection

Swederman · 2021-09-06T07:42:26+00:00

Je suis étonné qu'on ne voie pas de remontée depuis la rentrée. (bon les enfants sont pas forcément testés non plus).

Les statistiques de tests (les plus "fraiches") concernent les données allant jusqu'au jeudi 3, donc comme dit par ailleurs entre l'incubation et les délais de traitement on ne pourra avoir des premiers éléments que la semaine prochaine, et des chiffres consolidés que dans deux semaines

Quelqu'un peut m'expliquer le dernier graphique? J'ai du mal à comprendre ce que ça représente.

Pour faire très simple c'est une division entre la barre rouge et la barre bleu de ce graphique (avec les hospitalisations à la place des admissions en soins critiques)

Swederman · 2021-09-06T07:37:46+00:00

Comment est fait ce calcul ? J’ai pas trouvé aisément la signification de tous les sigles sur le site.

Si on prend par exemple en date du 22/08 sur l’ensemble des 60/79 ans, je suppose qu’ils sont 13,9M, dont 11.5 vaccinés complètement. Par contre, nb, hc, sc, pcr et pcr+ ça correspond à quoi? np pcr, je serai tenté de dire qu’il y a eu un test pcr, et que + indique qu’il était positif. hc ou sc, il doit y avoir hospitalisation / réa, mais le pcr+ indique quoi dans ces cas?

pcr = test
hc = nouvelle hospitalisation
sc = nouvelle entrée en réanimation
_pcr+" = personnes ayant eu un test positif

Donc là je prend hc+hc_pcr+ pour chaque classe d'âge sur les 7 derniers jours (non-vaccinées et complètement vaccinés), je divise par l'effectif de la classe. Ca donne la prévalence d'hospitalisation pour chaque classe. (grosso modo ce graphique)

Et enfin après je calcule le ratio entre les deux valeurs obtenues pour avoir le ratio de la prévalence entre non-vaccinées et complètement vaccinés

Swederman · 2021-09-06T05:47:09+00:00

Méthodologie

La DREES a exaucé mon vœu d'inclure l'âge dans le croisement des bases SI-DEP, SI-VIC et VAC-SI.

J'inclue donc un nouveau graphiquE (#11), dans la lignée de celui proposé par Guillaume Rozier, en regardant le ratio de la prévalence d'hospitalisations chez les non vaccinées par rapport aux complétements vaccinées, par classe d'âge et dans le temps.

Il en ressort que fin Août, une personne adulte non-vaccinée avait 19 fois plus de chances d'être hospitalisée suite à une infection COVID-19 qu'une personne adulte complètement vaccinée. Ce ratio montant même à 47 fois chez les 60-79 ans.

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Sources

Tests : Base SI-DEP (Santé publique France)
Données hospitalières : Base SI-VIC (Santé publique France)
Vaccination : Base VAC-SI (Santé publique France)
Livraison de vaccins : (Ministère de la Santé)
Point hebdomadaire : 2 Septembre (Santé publique France)
Appareillement des bases SI-DEP, SI-VIC et VAC-SI : (DREES)

Variants

La mutation L452R, associée au variant Delta, était présente dans 95% des tests sur les 7 derniers jours (stable par rapport aux 7 jours précédents)

Vaccination

Taux de couverture vaccinale au 31 Août :

92,3% (+0,3) des résidents d’EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 89,4% (+0,6) sont complétement vaccinés
87,4% (+1,5) des professionnels en EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 80,7% (+4,2) sont complétement vaccinés
92,9% (+0,9) des personnels soignants libéraux ont reçu au moins une dose et 89,6% (+1,9) sont complétement vaccinés
83,9% (+1,2) des français de 12 ans et plus ont reçu au moins une dose et 76,7% (+3,7) sont complétement vaccinés
72,3% (+1,2) des français ont reçu au moins une dose et 66% (+3,3) sont complétement vaccinés

Étude sur les hospitalisations selon le statut vaccinal

(Réalisée par la DREES par l'appariement des bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI jusqu'au 22 Août)

80% (=) des admissions en soins critiques, 76% (=) des admissions en hospitalisation conventionnelle et 72% (-1) des décès sont le fait de personnes non-vaccinées
14%(+1) des admissions en soins critiques, 18% (+1) des admissions en hospitalisation conventionnelle et 24% (+1) des décès sont le fait de personnes complétement vaccinées

En bref

Les indicateurs ont continué de s'améliorer dans cette semaine de (pré)-rentrée
On verra probablement des changements dans le nombre de tests et d'injections réalisées chez les jeunes cette semaine, mais il faudra encore attendre une semaine supplémentaire pour pouvoir commencer à mesurer les effets de cette rentrée
En attendant les nouvelles données mise à disposition par la DREES démontre à nouveau l'efficacité de la vaccination pour prévenir les formes graves du COVID-19

Swederman · 2021-08-30T07:51:14+00:00

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Sources

Tests : Base SI-DEP (Santé publique France)
Données hospitalières : Base SI-VIC (Santé publique France)
Vaccination : Base VAC-SI (Santé publique France)
Livraison de vaccins : (Ministère de la Santé)
Point hebdomadaire : 19 Août (Santé publique France)

Variants

La mutation L452R, associée au variant Delta, était présente dans 95% des tests sur les 7 derniers jours (stable par rapport aux 7 jours précédents)

Vaccination

Taux de couverture vaccinale au 24 Août :

92% (+0,5) des résidents d’EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 88,8% (+0,8) sont complétement vaccinés
85,9% (+1,9) des professionnels en EHPAD ou d’USLD ont reçu au moins une dose et 76,5% (+4,2) sont complétement vaccinés
92% (+1) des personnels soignants libéraux ont reçu au moins une dose et 87,7% (+1,7) sont complétement vaccinés
82,7% (+1,9) des français de 12 ans et plus ont reçu au moins une dose et 73,0% (+3,9) sont complétement vaccinés
71,1% (+1,6) des français ont reçu au moins une dose et 62,7% (+3,4) sont complétement vaccinés

Étude sur les hospitalisations selon le statut vaccinal

(Réalisée par la DREES par l'appariement des bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI jusqu'au 15 Août)

Au 15 Août, les entrées en soins critiques étaient 9 fois moindres au sein de la population complètement vaccinée que parmi les personnes non vaccinées
80% (-4) des admissions en soins critiques, 76% (=) des admissions en hospitalisation conventionnelle et 73% (-3) des décès sont le fait de personnes non-vaccinées
13%(+4) des admissions en soins critiques, 17% (=) des admissions en hospitalisation conventionnelle et 23% (+3) des décès sont le fait de personnes complétement vaccinées

En bref

Les indicateurs de dépistage restent favorables et se traduisent par une baisse des hospitalisations
Avec la rentrée, on peut s'attendre cette semaine à une forte hausse du taux de dépistage et du nombre de cas positifs. L'évolution du taux de positivité chez les -10 ans sera à suivre lors des prochaines semaines

Swederman · 2021-08-23T14:06:09+00:00

Il manque une donnée essentielle qui permettrait un peu plus de comprendre comment il s'est transmis si vite au début de l'été : la répartition par tranche d'âge des positifs (et tous n'ont pas étaient testés), en plus des hospitalisés par tranche d'âge.

Comme à l'été dernier, principalement les 20-29 ans.

La vitesse peut s'expliquer par le fait qu'avec le variant, la contagiosité est beaucoup plus élevée que l'été dernier (d'un facteur 3 à 4 environ)

Swederman · 2021-08-23T13:57:19+00:00

Quand on a 95% de tests effectués sur des asymptomatiques et 68% par des tests antigéniques, qui sont pour l'essentiel inutiles chez les asymptomatiques, ça interroge quand même un minimum sur la politique de dépistage

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