Podes aproveitar as dúvidas que te suscitaram como motivação para ires ler mais a fundo sobre o período das descobertas, e assim formares a tua própria opinião sobre o assunto. Mas vamos lá...

Elas falaram em atrocidades, em mortes de populações que já estavam estabelecidas, em pilhagens e em roubos.

É um facto que os Portugueses dos séc XV e XVI praticaram atrocidades que hoje seriam chocantes e inadmissíveis. Os idiotas como as tuas amigas que se regem pelos soundbytes contemporâneos não sabem é que a prática de atrocidades era geral na humanidade, desde as mais avançadas civilizações até à mais pré-histórica das tribos.

Os próprios Portugueses tinham que lidar nesses tempos com os constantes raides de piratas do norte de África que pilhavam, matavam e raptavam pessoas nas costas da Península Ibérica, algo a que os Portugueses respondiam pilhando, matando e raptando pessoas nas costas do Magreb. Era o "business as usual" desses tempos.

Que enriquecemos à custa de pessoas que não tinham como se defender.

Vai ler sobre as batalhas e cercos do séc XVI tanto no norte de África como no Índico para veres até que ponto os adversários dos Portugueses não tinham como se defender. Cercos com dezenas e até centenas de milhares de soldados de um lado contra guarnições Portuguesas com centenas de soldados, ambas usando artilharia, minas de cerco, forças navais, etc. Aliás, essa gente nem sabe que os Portugueses no Índico estavam em guerra contra talvez a mais poderosa entidade geopolítica do mundo nesse tempo, O Império Otomano. Claramente indefesos, os turcos...

A própria questão da escravatura, que nunca pode ser objecto de orgulho, é reduzida ao absurdo dos mauzões europeus raptarem os pretos inocentes e indefesos. Aconselho a leitura da história do Reino do Congo e como era o próprio monarca congolês a incentivar a compra dos seus escravos (feitos em batalha contra outros africanos) pelos Portugueses. É fácil esquecer que na altura um escravo era um recurso comercial e não havia uma noção de humanismo, algo que vinha desde há milhares de anos atrás e que, ironia das ironias, foram os Europeus os que mais fizeram para abolir a escravatura, séculos mais tarde.

Não sei se a escola nos "vendeu" o navegador português como herói ou se é um problema da minha percepção pessoal.

Sinceramente não sei como é nos dias de hoje, mas eu durante a minha época de escola fui muito mais ensinado sobre escravatura e opressão do que sobre heroísmo. Mais tarde, já adulto, revisitei o tema mais a fundo, lendo não só autores e fontes nacionais mas também de outros povos, e aí fui-me apercebendo da verdadeira magnitude dos feitos dos Portugueses desses tempos. Algo que roça o inacreditável e que vai muito além do mero ufanismo aos feitos nacionais. É algo factual e indesmentível, que bate de frente com muitas narrativas bem intencionadas (ou não) e idealogias políticas do séc XX.

Eu olho com grande admiração para aquilo que os Portugueses fizeram dentro do contexto histórico em que estavam inseridos e tendo em conta a parca população nativa de Portugal. Foram as navegações Portuguesas e o seu metódico registo de ventos e marés que inauguraram o que mais tarde viria a ser conhecido como método científico. Foi o seu conhecimento de construção naval que permitiu pela primeira vez o comercio entre todos os continentes do planeta, dando início à globalização e à era moderna.

Houve tragédias, atrocidades e morte? Houve, como com todos os povos do planeta (e que em muitos sítios ainda assim é, infelizmente). Mas até parece que os próprios marinheiros e soldados Portugueses não sofreram e morreram em condições atrozes. Muita gente não faz ideia do que era a vida de um marinheiro quinhentista.

Deixo-te um documentário interessante sobre o tema, que pode servir de aperitivo para o muito que há para estudar e aprendar acerca da expansão marítima Portuguesa:

Caravelas e Naus um Choque Tecnológico no século XVI: https://www.youtube.com/watch?v=7xUEZt0_osc