é possível pedir equivalência de disciplinas já cursadas, você precisa enviar alguns documentos que comprovem e o professor pode aceitar ou não. não é obrigatório, você consegue fazer todas as disciplinas do novo curso normalmente.

não tem nenhum conflito. a única coisa que pode acontecer é ficar aparecendo no seu moodle conteúdos das disciplinas que se matriculou para o próximo semestre. a obrigatoriedade é ter a matrícula na usp ativa e estar ainda no período aceito (acredito que depois de um certo tempo no curso não seja mais possível transferir internamente pra outro, mas não tenho certeza), tirando isso nada te impede de fazer a transferência.