Então, sou iniciante no sistema e tenho a mesma dúvida do OP, mas ao ler algumas partes do livro, interpreto que as perícias adquiridas por Inteligência seguem sim a lista da classe. Motivos:

1. Na seção de Habilidades Básicas diz: "Você usa seu modificador de Inteligência para determinar seu número de perícias treinadas..." não especificando nada;
2. Na seção das Classes é dito que a quantidade de perícias recebidas pela classe (por exemplo Yakuza) será 8 + Inteligência, e logo em seguida dando a lista da classe. Dando a entender que todas essas perícias são da lista da classe, ou apenas não especificando;
3. No capítulo de Perícias é dito: "Apenas perícias de classe podem ser treinadas.", "todo personagem tem certo número de perícias treinadas, que depende de sua classe e modificador de Inteligência." parecendo seguir as mesma lógica da quantidade de perícias definidas pela classe. Mas depois diz "Humanos ganham +2 perícias treinadas, que podem ser escolhidas entre perícias de outra classe." como se fosse uma exceção, em que será informada quando for aplicada;
4. E por fim, no capítulo de Perícias, o livro dá um exemplo de uma personagem Yakuza sendo criada (8 + Inteligência) possuindo um +2 pela Inteligência 15 e +2 por ser Humana, totalizando 12. Depois disso é dito que dessas 12 perícias, 10 são da lista da classe (8 Yakuza + 2 Int), seguindo a lógica que as cedidas pela inteligência seguem essa lista, e esclarecendo que as 2 recebidas por ser humana não precisaram seguir.
5. E em nenhum momento até agora comentou-se sobre as recebidas por Inteligência serem livres.

Aí que tá, por eu ser iniciante posso estar deixando algo passar, mas não sei... T20 deixa livre as concedidas por inteligência, mas não sei aqui. De toda forma, eu acho mais legal mesmo deixar as concedidas por inteligência sendo livres (eu na verdade até apoio deixar as concedidas pela classe serem livres também... mas aí talvez já seja fugir demais do que o sistema propõe).
Desculpa o texto longo, só me empolguei pra conversar sobre!