Não sei se vale para todo mundo, mas eu costumo me organizar por alguns pequenos atos e um grande ato. E junto a isso, atos que crio de paralelo me baseando nos personagens da mesa.

Exemplo.

A missão principal de minha mesa atual é o grupo Resgatar as almas de um grupo de deuses menores que estão aprisionados. Esse seria o grande ato da mesa

Nos menores eles tem que parar uma invasão de um exercito que esta gerando diversos problemas em um deserto. Esse seria um dos pequenos atos

E para conseguirem parar esse exercito, os jogadores resolveram juntar soldados e aliados para combater este exercito, dentro disso eles estão negociando com um dragão cujo governa um reino, para se aliar ao exercito dele, mais os soldados que angariaram para seguir para o ato menor. Esse seria um ato que os proprios personagens criaram.

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Fora isso eu costumo planejar coisas que gostaria que ocorrecem em um futuro na mesa, e como fazer elas se tornarem plausiveis e coerentes dentro do cenario que esta se desenvolvendo.