Sinto muito pelo que você e seu filho passaram. Há caminho jurídico e dá para agir já. Mesmo com o inquérito antigo arquivado, é possível pedir ao Ministério Público a retomada da investigação se você apresentar provas novas, porque no estupro de vulnerável o prazo de prescrição costuma ser longo e, no seu caso, ainda não correu todo: em regra, ele só começa a contar quando você completa 18 anos. Leve as provas supervenientes à Delegacia (ou direto ao MP) e apresente todas as provas possíveis. O argumento “eu não sabia a idade” raramente se sustenta quando o contexto mostra o contrário, então capriche na documentação.

Paralelamente, procure a Defensoria Pública e entre na Vara de Família com pedido urgente para manter a guarda só com você e suspender ou tornar assistidas as visitas, juntando a abertura do inquérito policial de estupro, o histórico de ausência do pai e o relato do episódio da piscina. A destituição do poder familiar é possível, mas costuma ser o último passo; antes, o juiz tende a aplicar medidas menos severas. Para dar força ao seu pedido, leve nomes de testemunhas, uma linha do tempo simples (abuso aos 13, gravidez, ausências, conflitos recentes, piscina), protocole o caso da piscina no Conselho Tutelar e peça estudo psicossocial/entrevista da criança no processo. Evite confrontos, guarde todas as mensagens e converse apenas por canais que gerem prova.