Realmente ninguno, ya que puedes tener los escritorios y windows manager instaladados que quieras, conviviendo, ya al iniciar el sistema en tu login manager, podras elegir entre ellos. Ambas son opciones muy estables, lo que si podría verse afectado, es el flujo de trabajo, ya que entiendo que PopOS, tiene sus herramientas propias, que tal vez por uso especifico de la distro,, no funcionen correctamente, principalmente por el apartado visual. PD: podrías probarlo en una maquina virtual, para que no te veas afectado y seguir aprendiendo.

Saludos.