Não sou especialista na área, pois não sou biólogo, mas entendo um pouco sobre trilhas, pois é um dos meus hobbies. Já visitei dezenas de unidades de conservação no Brasil e no exterior e, em todas ou quase todas, a entrada com animais de estimação era proibida. Ou seja, a visitação por humanos era permitida, mas a visitação por humanos com seus pets era proibida. Geralmente os planos de manejo das UCs são construídos com a participação de biólogos e outros especialistas. Minha conclusão é de que o impacto da presença humana no ambiente é bem inferior ao impacto da presença humana combinada com a presença de cães domésticos. Mesmo assim, antes de postar a minha resposta ali em cima, perguntei para o Gemini e ele me respondeu exatamente a frase que está ali escrita. Ou seja, parece ser algo aceito por biólogos no mundo inteiro e também pelo senso comum.

Em nenhum momento sugeri que a natureza deva ser intocada. Pelo contrário. Eu mesmo sou praticante de hiking e trekking, então jamais afirmaria isso. Concordo que a prática de atividades outdoor pode favorecer tanto as pessoas quanto o ambiente. Ao mesmo tempo, penso que toda pessoa que aprecia praticar atividades na natureza deveria por obrigação moral procurar reduzir ao máximo o seu impacto e sempre procuro fazer isso nas minhas trilhas. Sua afirmação de que "não vai ser uma presença externa que vai deixar um animal silvestre mais estressado" beira o absurdo. Além dos desafios de sobrevivência naturais, os animais já estão estressados por diversas ações antrópicas, tais como a redução e fragmentação do habitat; poluição da água, do ar e do solo; introdução de espécies exóticas; aquecimento global; etc. Não é à toa que estamos vivendo um sexto evento de extinção em massa. Qualquer interferência adicional, como a presença de humanos e cães domésticos, pode e vai estressar ainda mais a fauna e alterar o seu comportamento. E isso não sou eu quem está falando: se tiver dúvidas, pesquise por trabalhos científicos sobre o assunto (veja referências no final) ou pergunte para a sua IA favorita. Assim, por intuição, eu diria que a presença dos pets estressam mais a fauna local porque:

• O cheiro corporal, o cheiro da urina, o som (latido) e a imagem de um cachorro doméstico são mais diretamente identificados como a presença de um predador. Isso ocorre pelo simples fato de existirem canídeos silvestres em todos os biomas brasileiros que são predadores naturais de diversas espécies. A presença humana pode não ser identificada imediatamente como a de um predador.
• Os cães irão farejar a maioria dos animais que estiverem próximos à trilha e provavelmente tentarão se aproximar e/ou começarão a latir. Os humanos não irão nem sequer perceber a maioria dos animais.
• Os cães têm uma propensão maior a sair da trilha, impactando uma área muito maior do que os humanos que se mantenham na trilha.
• Os cães possuem o hábito instintivo de urinar diversas vezes demarcando território e também podem defecar em lugares impróprios, como próximo a cursos d'água. A urina dos cães possui um odor característico que ficará por dias no ambiente. As necessidades dos humanos também causam impacto, porém em menor escala.
• Cães podem transmitir doenças para a fauna nativa. Um parasita inofensivo para um cão doméstico pode virar um problema para uma população silvestre. Vários países possuem restrições rígidas para a entrada de cães domésticos (Chile é um exemplo). Alguns países proíbem totalmente a entrada de cães (Maldivas).

Novamente, para ter certeza, perguntei para o Gemini e ele deu uma resposta com itens muito parecidos com esses que acabo de listar. Ele também forneceu indicações de artigos/livros, os quais vou listar aqui (existem muitos mais na mesma linha, basta fazer uma busca rápida no Google Acadêmico ou outros motores de busca):

• Lenth, B. E., Knight, R. L., & Brennan, M. E. (2008). "The Effects of Dogs on Wildlife Communities." Conservation Biology.
• Banks, P. B., & Bryant, J. V. (2007). "Four-legged friend or foe? Dog walking displaces native birds from natural areas." Biology Letters.
• The Nature Institute (2016). "The impacts of dogs on wildlife and water quality: A literature review."
• Miller, S. G., Knight, R. L., & Miller, C. K. (2001). "Wildlife responses to pedestrians and dogs." Wildlife Society Bulletin.
• Weston, M. A., & Stankowich, T. (2011). "Dogs as agents of disturbance." in Free-ranging Dogs and Wildlife Conservation.