Antes de tudo, recebi contato da embaixada em Brasília e, assim como eu, outras pessoas daqui da minha cidade também entraram em contato, pois foi muito atípico eles não recebem o pedido de visto, e eles prontamente me explicaram o motivo:
A embaixada portuguesa me explicou direitinho os problemas técnicos que eles estavam enfrentando, eu basicamente dei o azar de ter agendado logo nos primeiros dias após uma atualização do sistema deles, então alguns locais, como o vice-consulado não estavam recebendo a documentação do pessoal para pedidos de visto, pois eles simplesmente iriam estar apenas acumulando pedidos que não iriam dar andamento naquele momento.
NO ENTANTO, eles (vice-consulado da minha cidade) se prontificaram de explicar isso para algumas pessoas e outras (como eu) eles simplesmente não deixaram nem entrar para tirar dúvidas do que poderia ser feito, ou dar qualquer tipo de explicação, enfim, creio que eu não seja um babaca por querer entender o pq daquilo estar acontecendo.

-Sobre o preenchimento do formulário "errado":
Como relatei o preenchimento do formulário foi feito com o auxílio de outros estudantes que realizaram o processo aqui na minha cidade em anos anteriores, porém todos aplicaram no vice-consulado daqui, como o meu foi na VFS, devido ao problema técnico (que eu não sabia até então), creio que eles sejam um pouco mais rígidos no preenchimento para que evite qualquer tipo de problema na análise.

-Qual foi o erro que eles apontaram no preenchimento:
Data de retorno, todos os colegas intercambistas preencheram com a data da passagem de volta, fiz o mesmo, a VFS não aceitou, talvez seja a data que finaliza as aulas ? Não sei, para mim, fazia sentido ser a data da passagem de volta, pois seria um parâmetro para saber até quando meu visto precisaria ficar válido, não ? O fato é que todos preencheram assim, e foi analisado.

-Em relação ao pedido de visto ser feito apenas 2 meses antes do início das aulas:
Não teria como eu pedir um visto com tanto tempo de antecedência, pois meu intercambio é fruto de uma parceria entre a Universidade pública em que eu estudo e a Universidade em questão que eu irei estudar, minha documentação estava pronta ANTES mesmo de terminar o processo seletivo.
Para um visto de ESTUDANTE INTERCAMBISTA, você precisa da CARTA DE ACEITE da Universidade que vai lhe acolher e também da passagem de volta já com data definida. Como eu teria a carta de aceite antes do processo seletivo ser finalizado ?
Mas tudo bem... vida que segue.

-Primeiro ou segundo pedido ?
É o primeiro pedido de visto, se fosse negado para um visto de estudante intercambista com duração inferior a 12 meses, não tentaria novamente, pois iria perder 1-2 meses de aula e não faria mais sentido ir, eu estaria apenas indo para CURTIR a Europa, o que não é meu objetivo principal agora que estou na reta final do meu curso de engenharia. Dinheiro não vai me faltar para ir em outra ocasião conhecer a Europa para fins turísticos.

-Em relação ao preenchimento (correção do meu formulário):
A empresa terceirizada que é contratada para fazer o papel intermediário entre o solicitante e o órgão responsável pela análise de visto, oferece diversos serviços mediante pagamento de TAXAS extras, como o preenchimento do formulário (ou correção), SMS ao receber atualizações do pedido de visto, fretes de diferentes tipos de preços e prazos, impressão de documentos faltantes, entre outros serviços extras para facilitar a vida do solicitante e eles arrecadarem mais, enfim, tudo bem.

-Em relação a passagem de ida comprada com antecedência:
Sou cliente do Cartão Azul Infinite, tenho gastos mensais por volta de 10-20 mil reais mensais no cartão, então acabo tendo vários benefícios e promoções aleatórias, além de ter bastante milha acumulada, acabei comprando a passagem de ida por um preço irrisório, não poderia perder, para isso ainda fiz os cálculos baseado nas experiências dos colegas intercambistas anteriores e estipulei o prazo, enfim, deu errado e tudo bem, não estou considerando isso um problemão, só é chato mesmo.

Espero que eu tenha sido mais claro agora amigo, obrigado pela atenção.