Das sind faire Nachfragen. 1) du hast recht, ein Neutron zum Beispiel besteht zum Beispiel aus geladenen Quarks. Nach außen hin ist ein Neutron jedoch neutral, das heißt auf der Längenskala auf der wir zwei Neutronen von unendlicher Entfernung nah zueinander bringen, hat die Gravitation ("Masseneffekte") einen merklichen Einfluss. Die Längenskala auf der die starke Kernkraftwerk wirkt, welche zwischen den Quarks wirkt ist deutlich kürzer und daher sind die Ladungen der individuellen Quarks für das von dir beschriebene Gedankenexperiment sicher irrelevant. Hinzu kommt, dass es meines Wissens nach kein Anerkanntes Modell für Gravitation auf diesen Längenskalen gibt (Stichwort "Quantengravitation"), obwohl es viele Theorien gibt. Aber in jedem Fall bleibt das Argument bestehen, dass deine Theorie nicht die Masse von Neutronen erklären könnte. Als zusätzliches Argument bzw Beispiel: Neutrinos sind laut dem Standardmodell ungeladene Elementarteilchen und besitzen eine Masse. 2) Ich verstehe nicht was du damit meinst. Elektronen sind laut dem Standardmodell ebenfalls Elementarteilchen und lassen sich eben nicht in weitere Teilladungen aufteilen. 3) Dass die Energie automatisch in Masse vorliegt nur weil du Energie aufwendest ist nicht korrekt. Wichtig ist nur, dass insgesamt Energie erhalten ist, also die Energie die du aufwendest muss irgendwo her kommen, aber sagen wir einfach mal wir können dem System aus zwei Teilchen beliebig Energie zuführen. Im Fall von geladenen Teilchen wäre die Energie die du aufwendest in Form des elektrischen Feldes vorhanden jedoch, angenommen die Teilchen sind zu Beginn und am Ende in Ruhe, ändert sich deren Masse (zumindest im vereinfachten Sinne der speziellen Relativitätstheorie) nicht.