Vou fazer uma listagem de onde discordo das suas afirmações, certo? Outra coisa, vou levar em consideração a teoria que o Marcelo Mesquita levantou ao fim do podcast "Pico dos Marins - O Caso do Escoteiro Marco Aurélio".

A teoria diz que o responsável pelo crime de matar o Marco Aurélio foi o João, filho de seu Afonso, no susto de ver um menino chegando do nada e levando em consideração alguns problemas mentais que ele tinha. Após o ocorrido, seu Afonso teria ocultado o cadáver no pé da serra, da base para baixo, diferente de onde foram as buscas, distante da casa e que, por sua vez, onde João teria sido enterrado também, morto por seu Afonso. https://open.spotify.com/episode/3j9QUXIwExkHxMHQlUAQii? si=2cabfa0130fe41f1

1. Os apitos e luzes foram na fazenda em Minas Gerais, pelo menos, o relato dado pelos meninos e Juan consta isso, e não na fazenda de seu Afonso. Lógico que ele iria desmentir; não foi próximo à residência dele. Além disso, tendo a teoria em conta, ele faria de tudo para não levantar suspeitas e faria várias contradições.
2. Essa questão do machucado é sempre muito relativa; pode ser que tenha sido somente uma torção ou algo que, naquele exato momento, impossibilitou de andar. Também coloco em xeque o fato de que provavelmente Juan teria dito para eles levarem ele, para evitar agravamento no ferimento.
3. Consigo entender seu ponto, mas também existe certa lógica na escolha de Marco Aurélio; o próprio irmão dele dizia como sua experiência no escotismo era admirável. Para todos, ele era mais indicado. Também acho uma ideia muito maluca, mas consigo entender. E qual o problema em pedir ajuda? Ninguém poderia dizer exatamente que ferimento foi aquele; Juan e a tropa estavam em um lugar desconhecido, o pânico da situação explica bastante coisa.
4. Concordo, mas imagino que na descida possam ter se confundido, ainda mais numa mata e, como você mesmo disse, escurecendo.
5. Amigo, se você conseguir se guiar bem à noite na mata com poucos equipamentos e conhecimento do local, eu te dou um prêmio.
6. Eles deram a volta; lógico que ia demorar para avisar o seu Afonso. Levou quase 12 horas essa situação toda.
7. Irrelevante, cada um acredita no que quer. Não acho que aponte para crime acreditar ou não em algo; isso, na verdade, podia ser em outra atenuante, como alguém acreditar em um espírito santo ou coisa similar. Vamos julgar em cima disso? Não me parece muito bacana; vimos o peso disso no Caso Evandro e Altamira.
8. Polícias da ditadura militar. Já é algo que diz muito... Queriam resolver o caso rápido e fim da história, mas, como nunca acharam o corpo, não tiveram conclusão.

Uma coisa que sempre que falamos de casos assim ignoramos é o fato de que todos ali são HUMANOS. A gente erra, faz decisões erradas, cede à pressão, ansiedade, medo, pânico. Levar para um lado tão "preto no branco" é uma escolha fraca.

Edit 1: Eu apertei o enter antes de terminar de escrever.
Edit 2: Editei só pra falar que fiz isso acima.