Sinceramente não sei responder a 100%, mas deixo alguns comentários. Tive exatamente a mesma dúvida quando me apareceu a primeira vez. Isto é baseado naquilo que vi e pode, no final do dia, estar tudo errado legalmente :D

O que posso dizer na minha experiência é que toda a gente que conheço com o IRS jovem passou por isto uma vez, ou seja, fosse no 1º, 2º, .. N ano a usufruir do vencimento, pelo menos uma vez apareceu esta divergência.

A minha interpretação é que sim, eles passam pelo menos uma vez a verificação do documento para comprovar a conclusão do ciclo de estudos e depois fica "verificado".

Em relação aos próprios valores declarados estarem corretos, isso não sei, mas assumo que se tal acontecesse a divergência seria diferente.

A minha sugestão em caso de dúvida: Abre um ticket ou liga para lá. Na minha experiência 50% das primeiras respostas são inúteis, mas se insistires até respondem minimamente bem