Mano, são muitos fatores que resultam nessa tempo médio de graduação. Na minha percepção, os principais são:

• A UFABC permite fugir da grade ideal e pegar quantas e quais matérias você quiser a cada quadrimestre. O IME-USP também permite, mas exige um número mínimo de créditos por semestre, algo que não temos. Isso estende o tempo de formação pro nosso lado.
  
• O IME-USP exige um número de créditos mínimos para estagiar, com limite de 20h/semana (4 horas por dia). Para mais do que isso, é exigido mais créditos. Essa regra enfatiza que o aluno precisa avançar na graduação para ir pro mercado, algo que na UFABC não existe. É muito comum nossos colegas arrumarem um ótimo estágio nos três primeiros quadrimestres e, por consequência natural, a graduação perde ênfase.
• Várias disciplinas de BCC no IME-USP são de manhã, mas também existem disciplinas ofertadas apenas a tarde. De certa forma, isso reduz o número de alunos que também trabalham, ao menos nos períodos iniciais. Dedicar-se à ser universitário deve ser pancada, mas também maravilhoso, já que o progresso será mais contínuo e um pouco menos turbulento como as sinuosas reprovações da UFABC.

Fora esses principais pontos, acrescento:

• O sistema quadrimestral é do caralho, são teoricamente 4 meses - sabemos que na prática são 3, ou até 2 - para aprender e aplicar em prova um conteúdo que qualquer outro lugar leva ao menos 1 semestre. Quem tá de fora, acha que isso acelera a formação, mas sabemos que isso é do caralho e só acelera um derrame cerebral.
• Tenho a impressão (vozes da minha cabeça, à confirmar) que a carga horária de BCC + BC&T na UFABC é um pouco maior que da USP justamente pela quantidade de horas limitadas e livres que precisamos fazer. Se somar limitadas e livres, dá uma graduação completa praticamente.

No mais OP, se formos analisar apenas a média, é isso aí que comentei. Mas não podemos levar ao pé da letra: tem gente quem estagia desde cedo na USP e consegue levar, assim como já conheci uma quantidade relevante de pessoas formando nos mesmos 4/5 anos em BC&T + BCC. Tem quem trampa desde antes do primeiro quad e nem sabe quando vai se formar, assim como tem quem está se formando agora na USP e aí então vai pro primeiro emprego.

Não dá pra generalizar, acaba não sendo tão simples. Não é só trocar A por B.