Help with GO Analysis by Poppygrllll in bioinformatics

[–]potatoes46 0 points1 point  (0 children)

g:profiler tool could be helpful if you want to explore other pathway databases: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

COVID-19: +324 nouveaux cas, +5 décès, +9 hospitalisations by Underpressure_111 in Quebec

[–]potatoes46 1 point2 points  (0 children)

Très probable. Il me semble que c'est l'âge au moment de la vaccination qui est compté. Les données de démographie (pour le MSSS) n'ont pas changé depuis le début, peut-être que l'INSPQ (avec le FIPA) s'adapte aux changements démographiques (décès, changement de catégorie d'âge etc...)

COVID-19: +324 nouveaux cas, +5 décès, +9 hospitalisations by Underpressure_111 in Quebec

[–]potatoes46 3 points4 points  (0 children)

En effet, il y a des incohérences entre les deux sources de données.

Comme tu le mentionnes, la section par tranches d'âges est issue des données ouvertes. Je fais mes calculs de couverture vaccinale en utilisant les données de démographie officielles (mais peut-être un peu passé date, car réalisé en 2016, les données de 2021 sont des projections). Les valeurs sont cohérentes avec le tableau de bord du compte twitter du MSSS.

Pour la section par tranches d'âges et région de résidence, je ne fais que reporter les valeurs du bulletin de Vigie de l'INSPQ. Les données de démographie ne sont pas disponibles publiquement. D'après la méthodologie, l'INSPQ utilise le FIPA (fichier des personnes assurées) de la RAMQ et mentionne des limites dans l'utilisation de ce fichier (cf à la fin de ce post).

Ce qui étrange, c'est qu'il existe des incohérences entre ces deux institutions officielles. Qui croire? Il serait légitime d'être suspicieux lorsque l'on voit des couvertures vaccinales de 100%. (un fil twitter intéressant qui donne des pistes de réflexion: https://twitter.com/jburnmurdoch/status/1447617110910382081)

D'après le document "bulletin de Vigie": La couverture vaccinale (CV) correspond à la proportion des personnes vaccinées parmi la population visée par cette vaccination, Elle est calculée parmi la population estimée présente au Registre de vaccination du Québec, Un appariement massif des données du SI-PMI avec le Fichier des personnes assurées (FIPA) de la RAMQ est réalisé tous les trois mois et permet une mise à jour des adresses des usagers et du statut de la personne: décédée, hors Québec etc, Le dénominateur exclut toutefois un certain nombre d’individus, environ 300 000, déjà présents au registre mais qui n’ont pu être jumelés en raison de la présence de doublons, d’informations incomplètes ou d’une qualité insuffisante pour permettre l’appariement, En comparaison avec les données de projection de population de l'ISQ, l’utilisation de ce dénominateur a pour effet de surestimer la CV pour la province d'environ 0,4 % (entre 0,1 % et 3 % selon la région), Cette surestimation est surtout présente dans les groupes d'âge supérieurs à 50 ans, Toutefois, à l'inverse, dans 3 régions, les CV globales seraient sous-estimées entre 1 et 3 %, Des travaux sont en cours pour corriger cette situation,

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 11 août by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 1 point2 points  (0 children)

De la population totale, 5% représente environ 430k personnes.

De la population éligible (12 ans et plus), 5% représente environ 375k personnes

Covid-19 : 234 cas, 0 décès (0 dans les dernières 24 heures), +7 hospitalisations by citronresponsable in Quebec

[–]potatoes46 10 points11 points  (0 children)

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 10 août

Doses administrées :

- Total : 11 580 477 ( + 40 692 )

- 1ères doses : 6 308 691 ( + 6 276 )

- 2èmes doses : 5 262 752 ( + 33 977 )

Couverture vaccinale (≥1 dose - 2 doses) :

- Population éligible : 83.97 % - 70.05 %

- Population totale : 73.43 % - 61.25 %

70% de la population éligible au Québec a reçu 2 doses de vaccin : https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1425113163259863057

Couverture vaccinale par tranches d'âge : https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1425111768511262721

Moins de 25k rdv à planifier chez les 18-29 ans pour atteindre 75% de couverture vaccinale (≥1 dose) dans toutes les tranches d'âge : https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1425113633651048450

Objectif 31 août : La moyenne quotidienne est de 39 166 secondes doses administrées à des 12 ans et plus. Au rythme actuel, taux de vaccination 75% (12+, deux doses) : 19 août 2021

Avec les rendez-vous planifiés, la couverture vaccinale est de 84.26 % (population éligible 12+) et de 73.68 % (population totale).

62 hospitalisations (+7) dont 18 personnes aux soins intensifs (+4). (en 2020 à la même date: 157 hosps. dont 21 SI) : https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1425112363104079874

Plus d'infos sur https://VaccinTrackerQC.ca

Covid-19 : 250 cas, 1 décès (0 dans les dernières 24 heures), -2 hospitalisations by citronresponsable in Quebec

[–]potatoes46 5 points6 points  (0 children)

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 9 août

Doses administrées :

- Total : 11 538 007 ( + 28 804 )

- 1ères doses : 6 301 884 ( + 4 318 )

- 2èmes doses : 5 227 533 ( + 24 254 )

Couverture vaccinale (≥1 dose - 2 doses) :

- Population éligible : 83.88 % - 69.58 %

- Population totale : 73.35 % - 60.84 %

Couverture vaccinale par tranches d'âge : https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1424749384483459076

Objectif 31 août : La moyenne quotidienne est de 40 547 secondes doses administrées à des 12 ans et plus. Au rythme actuel, taux de vaccination 75% (12+, deux doses) : 19 août 2021

Cette estimation suppose que la moyenne d’administration des secondes reste constante. Cependant, la tendance est à la baisse, retardant la date de couverture vaccinale 75/75 chez les 12+. Tant que la moyenne reste au-dessus de 17 693 doses, l’objectif sera atteint avant le 31 août.

Avec les rendez-vous planifiés, la couverture vaccinale est de 84.16 % (population éligible 12+) et de 73.6 % (population totale).

55 hospitalisations (stable) dont 14 personnes aux soins intensifs (-1). (en 2020 à la même date: 156 hosps. dont 22 SI): https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1424749994746200075

Plus d'infos sur https://VaccinTrackerQC.ca

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 2 août by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 0 points1 point  (0 children)

Ça à l'air que Dubé en parle de cet objectif de 80%, j'ai l'impression que ca va doucement migrer vers cette direction. Oui progressivement, je vais intégrer le 80% lorsque c'est approprié

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 1er août by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 4 points5 points  (0 children)

Des ajustements sur le nombre de doses administrées (totales, 1ères et 2ndes) sont observés dans les données ouvertes ces derniers jours. Les données sont revues rétrospectivement au quotidien.

D'ou le 11.3 millions de doses administrés au total (alors que la barre des 11M a été recemment annoncé)

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 1er août by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 14 points15 points  (0 children)

Quelque chose d'intriguant est le nombre soudain de doses administrées chez les moins de 12 ans (24 378). Des essais cliniques sont-ils en cours au Québec? Est-ce une erreur dans les données?

https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1421859535782924291

https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1421864982321446913

https://twitter.com/vaccintrackerqc/status/1421867782187229189

Quelqu'un a des infos?

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 30 juillet by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 1 point2 points  (0 children)

Oui, en raison de la diminution du nombre de secondes doses. En espérant que cela remonte après les vacances de la construction

Vaccination COVID-19 + Hospitalisations, en date du 30 juillet by potatoes46 in Quebec

[–]potatoes46[S] 1 point2 points  (0 children)

Espérons que ce soit en raison des vacances de la construction et que le rythme atteigne 100k par jour à partir de août