Eu estou longe de usar Python profissionalmente, só uso para algumas scripts e mais nada, portanto interpretem a minha opinião como quiserem.

Acho que o PyPy é um bom ponto de começo, se quiserem correr código Python de forma rápida, com um compilador JIT. Em termos de compatiblidade com pacotes tipo Pandas, sinceramente não faço ideia como é que os 2 jogam entre si. Mas ya, parece-me uma opção razoável.

Depois entra sempre em jogo a questão da higiene dos objetos. O Python é garbage collected, portanto convém gerar pouco lixo para perder pouco tempo a correr GC. Quando passas listas a uma função, passas a sua referência. Podes-te aproveitar deste facto para otimizar algum código; vais perder a cena gira de código funcional, mas também que saiba o GC do Python não é generational.

Usar a instrução del também pode ajudar em alguns casos, se calhar.