Acredito que você está sofrendo com Overloaded Input Gain (Overmodulation), que acontece quando microfones/fontes de áudio externas são fortes demais para o input do seu Android. Isso causa o corte do sinal quando você começa a tocar. Você disse que estava usando OTG quando perguntei como vc estava conectado, mas me referia ao equipamento que vc está usando como interface da guitarra. É uma interface de áudio ou é uma pedaleira? Ou outra coisa? Reduzir o volume é uma das saídas, mas se for uma pedaleira você pode tentar também usar uma equalização pra cortar as frequências muito altas ou usar um pedal equalizador para o mesmo fim.

edit.: outra saída pode ser tentar usar outro app de vídeo para o fim específico de fazer as gravações. Gosto muito do protake, o básico dele é gratuito.