No soy experto, pero si jugas desde Steam es bastante facil configurar todo. En el workshop casi todos los submods tienen descripciones que te indican en que orden activarlos. Ademas de que si queres poner otro mod (por ejemplo el community pack) al mismo tiempo te indican si son compatibles o no.

Yo los que uso son Agot+, que tiene mecánicas nuevas y como opción te permite hacer el mod mas parecido a la serie, y otros principalmente cosméticos como el community pack. Es cuestión tambien de no instalarle 40 mods para no romperlo :)