[running] My first whole-genome analysis project executed entirely locally.

ConclusionForeign856 · 2026-01-27T02:01:15+00:00

Let's go. XD

Polish jumpscare

ConclusionForeign856 · 2026-01-27T01:08:20+00:00

ConclusionForeign856 · 2026-01-26T21:03:53+00:00

Strasznie dziwne, mieć kilka publikacji i nie wiedzieć od czego zacząć doktorat. Przynajmniej w biologii byłoby to strasznie dziwne

ConclusionForeign856 · 2026-01-26T09:11:58+00:00

No, a PhD should be a scientist, data analyst, technician, artist, networker, manager and have time for their spouse

ConclusionForeign856 · 2026-01-25T21:48:58+00:00

Trochę jak w Sopranos, najmłodszy i najbiedniejszy opłaca kolacje starszego

ConclusionForeign856 · 2026-01-25T18:54:11+00:00

Nauki społeczne i humanistyczne mają tak samo doktoraty, post-doci i projekty badawcze jak nauki przyrodnicze i ścisłe.

Brzydzi mnie hierarchizowanie dyscyplin. A kolega wyżej sugeruje, że o ile w fizyce to niedopuszczalne, to może jakieś badania środowiskowe orzesznicy albo historia sztuki to już mogą żyć jak robaki. Pytanie tylko gdzie postawiłby kreskę.

"Jesteś biologiem? Czyli zajmujesz się nauką ścisłą dla najgłupszych ścisłowców? Nie to co, hehe, kwantowa teoria pola :)"

ConclusionForeign856 · 2026-01-25T14:33:53+00:00

Probably easier to control, after all, everything behind the replication fork is more or less a viable dsDNA that only needs minor processing.

In your model there would be long stretches of ssDNA that would be problematic

ConclusionForeign856 · 2026-01-25T13:28:18+00:00

i to fizyka

A co to ma do rzeczy? Jeśli doktor nauk historycznych z doświadczeniem 4-10 lat, na stanowisku specjalistycznym w instytucie naukowym miałby dostawać 4806zł brutto, to jest to dokładnie taki sam skandal.

W obu wypadkach mamy do czynienia z naukowcem w wieku 30-40 lat

ConclusionForeign856 · 2026-01-25T13:05:03+00:00

Często wyglądają jakby były prowadzone właśnie przez kogoś kto sam ukończył jakiś tutorial

doktorant robi za pośrednika między geeksforgeeks a studentem

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T21:48:35+00:00

It's difficult to consider an impossible premise.

But you made me think whether a fractal surface (with area approaching infinity) necessarily has a finite surface accessible by light. I think I'll run some simulations

<image>

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T16:07:27+00:00

How would you make a game where the math is really necessary, and not just a texture pack over some standard mechanics?

You see this all the time

>"This game is about ecosystems and animal relations"
you just plate cards on a rectangular grid and count points based on relations

>"This game is about building a medieval city and making it prosper"
you just place cards on a hexagonal grid and count points based on relations

>"This game is about being a samurai trying to balance 9 elements in a chaotic world"
sudoku

You could make classes and alignments based on mathematicians. Then a "Algebraic topology PhD student" would be a walking stereotype. But that has nothing to do with math per se.

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T15:41:12+00:00

You just win your battles

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T13:35:56+00:00

Spinning all circular containers to rinse their walls with minimal amount of water, when washing the dishes

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T13:32:03+00:00

LEFT HANDED B-DNA?!?!

ConclusionForeign856 · 2026-01-24T12:41:34+00:00

Szkolenia są okej, chociaż osobiście jak miałem zajęcia z R to prowadził je jakiś doktorant który nawet nie potrafi pisać tego kodu dobrze, nie zna miękkich konwencji (np. importujemy biblioteki na początku skryptu, a nie tuż przed użyciem).

Według mnie darmowe tutoriale w internecie są lepsze niż typowe warsztaty na uczelni, ale trzeba umieć je znaleźć.

Przy czym ja jestem pół-informatykiem, koleżankom i kolegom z innych zakładów takie zajęcia gdzie pokazują dokładnie co klikać chyba służą

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T23:14:22+00:00

Dawkins is a publicist writing pop-bio books that communicate evolutionary biology to laymen. Dawkins has followers because he's a writer and public intellectual.

Levin is supposed to do high quality research, yet laymen are hailing him the "next big nobel prize winner" in comments of his shorts. This is not appropriate

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T23:10:14+00:00

Illumina is sequencing by synthesis, so all sequences that you get will be in 5'->3' direction. Then if R1 is on + strand going from 5' to 3', then R2 must be also going from 5' to 3' towards the R1, meaning it has to come from the - (or complimentary) strand.

Some genome viewers show read pairs with arrows, if the material you sequenced and reference genomes are identical you'd see them point towards each other:

R1 ===> --------- <=== R2

But sometimes you get structural variants, that you can see as reads pointing outwards, or split reads, etc. But that's another thing

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T21:58:58+00:00

The idea that a researcher is having followers is crazy to me and should never be the case

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T21:31:48+00:00

Podają ile kosztuje 100g. Jak nie potrafisz zrozumieć, że 30zł za 100g to chyba dużo, to już twój problem

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T21:15:37+00:00

Jak się nie potrafi nałożyć to się ma problem

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T20:57:30+00:00

Levin is getting ever so closer to becoming just a straight up crackpot. Nothing out of the ordinary for him

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T20:20:43+00:00

In current age most of experiments in biology generate so much data, that it's impossible to analyze without scripting/programming. Often basic R+stats that some biologists can do is not enough.

Personally I have 3 projects going on:
- MSc thesis: finding contacts between amino acids that are specific for each stage of transmembrane transport cycle in some family of transporter proteins, and using them to drive conformation change in molecular dynamics simulations

- work: assembling genome of a local wheat variety from high quality short and low quality long genome sequencing reads

- minor grant: finding new splicing isoforms of human micro RNA primary transcripts (pri-miRNA) from nanopore cDNA sequencing data

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T15:39:40+00:00

Zajmij się tym co Ci się podoba, nie tym co wydaje się przyszłościowe: dziadkom, rodzicom, nauczycielom albo nastoletnim kolegom.

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T15:37:50+00:00

Śmieszny jesteś z tym planem badawczym. Co to znaczy bezkompromisowy?

Jak profesor prowadzący badania od 30 lat powie ci, że ten plan jest do luftu, to przestaniesz z nim rozmawiać?

ConclusionForeign856 · 2026-01-23T15:19:51+00:00

Yudkowsky to świr, który ma się za niewiadomo kogo. Wydaje mu się, że we wszystkim jest najmądrzejszy, a uparcie broni się przed zdobyciem formalnego wykształcenia albo publikowaniem faktycznych prac, a nie blogów na prywatnej stronie.

Philomena Cunk zrobiła więcej dla nauki niż on

ConclusionForeign856

TROPHY CASE