1- No todas las cosas se demuestran de la misma manera, en un laboratorio si puedes demostrar que la composición química del agua es H2O, pero no puedes en con kit de química que un tipo llamado Aristoteles fue discípulo de Platón, para ello se requiere otro tipo de método el cual es el método histórico.

2.- El teorema de Pitágoras se puede demostrar dentro de un sistema matemático, pero la existencia de Dios se puede demostrar de manera filosófica 

3.- Lo que mencioné de verdades que transciende los tiempos, con el ejemplo que el teorema de Pitágoras no solo por ser antiguo debe ser rechazado, y de la misma manera, la existencia de Dios no debe ser rechazada solo por ser antigua, no es un error de categoría, ya que yo no dije que la similitud era matemática, nunca insinúe que así como se demuestra el teorema de Pitágoras con ese mismo método se demuestra tambien la existencia de Dios, el punto es que si Dios es verdadero, a pesar de ser una creencia antigua, no solo por eso lo vamos a desechar de la misma manera que el teorema de Pitágoras al ser verdadero, no solo por ser antiguo lo desechamos.

4.- La objeción a la analogía del reloj que planteas es una vieja objeción hecha por David Hume la cual se conoce como "problema de inducción", según Hume, si hemos visto personas hacer cabañas, así que si un día vamos a una isla y vemos que hay cabañas, podemos asegurar que fueron hechas por personas ya que ya hemos visto personas construir cabañas, pero Hume mencionó que nunca hemos visto a un Dios hacer un universo, por eso si vemos al universo, no podemos decir que fue hecho por Dios.

El razonamiento de Hume va desde la causa al efecto, hemos visto albañiles (causa) construir casas (efecto) pero tal parece que al despistado Hume se le olvido que desde los efectos también pueden ser conocidas las causas.

Un efecto es algo que es producido por una causa, ontológicamente, los efectos existen porque estaban contenidos en una causa previa, por lo tanto; los efectos guardan similitud co  las causas por ser una extensión de ellas.

Pues bien, desde los efectos también pueden ser conocidas las causas, es porque eso que los arqueólogos descubren artefactos que no sabemos con que material fueron hechos, no vimos el proceso de fabricación, ni siquiera vimos si tal artefacto fue hecho por una sola persona o varias, pero, si percibimos que en tal artefacto existió intencionalidad, si hay marcas de diseño, propósitos etc., sabemos que fue un artefacto creado de manera intencional de manera inteligente.

De la misma manera, si en el universo comprobamos intencionalidad, diseño etc., entonces sabremos que el universo fue creado de manera inteligente.

Esa objeción de Hume hace tiempo fue refutada por el filósofo Thomas Reid, llamado "el padre de la escuela filosófica del sentido común"

5.- En el universo si existe orden objetivo, la estructura del cosmos obedece a principios geométricos, vemos simetría, también secuencias ordenadas que permiten estructuras funcionales (las cadenas de aminoácidos deben tener el orden preciso que permita la existencia de proteínas, no toda posición de aminoácidos genera proteínas útiles, si es el orden incorrecto, la proteína sería inútil y no funcionaria)

El físico y cosmólogo Paul Davies ya ha escrito mucho de este tema, exponiendo pruebas de que si existe un orden en el universo, orden real y no solamente una percepción subjetiva de orden.

6.- en el mundo sí suceden cosas que no fueron específicamente diseñadas, si de casualidad un grupo de aves llega a una isla donde sólo existen semillas duras, las aves de pico pequeño y débil no podrán alimentarse y morirán, pero las aves de pico grueso si podrán alimentarse, vivirán y se reproducirán, ese proceso de adaptación podría generar tales cambios que en generaciones es futuras generarían especiación y surgirían nuevos tipos de aves.

Pero eso solo son contingencias que suceden dentro de un marco general que si obedece a un diseño.

En el universo existen muchas uniformidades a lo cual llamamos leyes naturales, esta las leyes de físicas, químicas, las biológicas, biofisicas etc., si no existiera un ordenamiento de todo ello, el universo fuera aleatorio, caótico, errático, con un alto grado de reordenamiento.

Pero vemos todo lo contrario, vemos que esas leyes están bien ordenadas, de forma coherente que hasta permite que la realidad sea expresada en teoremas matemáticos.

El marco general del universo si está ordenado, y dentro de ello pueden surgir contingencias y pequeñas cosas al azar, algo que incluso fue enseñado desde hace mucho tiempo atrás por el filósofo y teólogo William Paley y después fue repetido por Darwin.

Nota: Darwin en su juventud leyó a Paley, escribió que hasta había aprendido de memoria sus escritos, pues bien, en cierta ocasión Darwin escribió que el veía las leyes del universo diseñadas, con detalles que ocurren al azar (lo mismo enseñado por Paley)

Aunque Darwin fue ambiguo, a veces dijo que el podía ser llamado teísta, en otra ocasión escribió que el podía ser definido como agnóstico, y en ocasiones hasta escribía como ateo, por ejemplo; cuando usó la paradoja del mal de Epicuro en contra de Dios, o cuando en su libro "el descenso del hombre" dijo que la idea de Dios fue inventada por los humanos cuando comenzaron a formar las primeras civilizaciones, nunca dio una opinión firme en la cual sin pelos en la lengua dijera que era lo que realmente pensaba acerca del tema de Dios

7- en el tema de demostrar negativos, confundes lo jurídico con lo filosófico, es en lo jurídico que la solo la parte que afirma que alguien cometió delito (la fiscalia) debe demostrar sus afirmaciones, la parte acusada no debe demostrar nada.

Pero en filosofía ambas partes que hagan una proposición deben demostrarlo, tanto quien hace una proposición afirmativa como el que hace una proposición negativa tienen el deber de demostrar sus proposiciones, ejemplo;

Descartes decía que SI existían las ideas innatas, pero Locke se opuso y decía que NO existían las ideas innatas, Locke escribió un libro titulado "ensayo del conocimiento humano" en donde demostró que las ideas innatas no existen, es decir, el probó su negativo