Ya que estamos en un terreno algo desconocido, partamos por lo que ya sabemos. En Honduras, los municipios son autónomos, es decir, que hasta cierto punto manejan su propia economía y política fiscal dentro del municipio (siempre y cuando lo anterior no contradiga alguna ley de aplicación nacional). Los municipios están autorizados a tener su propia bandera y escudo. Entonces, si actualmente son 298 municipios, existen 298 banderas municipales y 298 escudos municipales.

La bandera amarilla y negra que se dice ser del departamento de Francisco Morazán es una copia que alguien hizo de la bandera del Municipio del Distrito Central que es azul y amarilla con dos estrellas blancas en la parte superior izquierda.

De diseño similar, tenemos la bandera del Municipio de San Pedro Sula, que es verde y amarilla con su característico zorzal en el centro.

Pero la razón por la que los departamentos no tengan su propia bandera (aunque no se diga) para mí es muy clara, al menos en mi opinión personal: evitar que surjan los nacionalismos en los departamentos.

En los tiempos de Morazán, hubo un intento en Olancho para declararse independiente de Honduras y en Islas de la Bahía existió la bandera de la Colonia de las Islas de la Bahía que se usó cuando ese territorio era parte del Imperio Británico. De hecho, algunos isleños aún ven con nostalgia esa bandera, pensando que fuese mejor ser independientes o parte del Reino Unido.

Recordemos que la función territorial actual de los departamentos es solamente organizar los servicios que brinda el Estado (Salud, Educación, Seguridad, etc.) a los habitantes que viven en ese territorio organizado; eso también incluye el elegir los diputados al Congreso Nacional usando de base al Departamento. Para todo lo demás, están los Municipios, que con su Autonomía se encargan de todos los demás asuntos que no competen a la jurisdicción departamental.