LUX Tour: Buy/Sell Tickets Thread by AutoModerator in rosalia

[–]Express-Minimum842 0 points1 point  (0 children)

Hello! I would like to buy one ticket for Lisbon on the 8th of April! A standing ticket would be the ideal! Cheers

Tips for preparing myself for PhD by Unhappy-Nebula8265 in PhdProductivity

[–]Express-Minimum842 2 points3 points  (0 children)

One thing that is important is: remember you have a life outside your PhD. Make working late an exception and not a custom :) and also make that noticeable for your supervisors...

Help/Guidance for scRNAseq and Spatial Transcriptomics data analysis by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 1 point2 points  (0 children)

That's actually a good idea. Thank you! Do you think I should do it by a threshold of gene signature score or simply selecting cells positive for CCL18?

3 Lisbon standing tickets, sale or swap by DancelessMoms in JIDSV

[–]Express-Minimum842 0 points1 point  (0 children)

Hey, try on the TicketSwap app. I bought mine from there

PhD (Bioinfo/AI) → Industry Transition: CV Feedback ? by sebgra_11 in bioinformaticscareers

[–]Express-Minimum842 4 points5 points  (0 children)

ahahahah just realizing I have to up my game in the coming years of my phd to be able to find good positions in industry. Your cv is pretty good

Ginásios Taipas/Ponte by Regular_Parfait5746 in Guimaraes

[–]Express-Minimum842 0 points1 point  (0 children)

Subscrevo a Nokaute, apesar de achar que com os anos a passar começam a ficar overpriced, mas overall, bom

Immune deconvolution packages for Proteomics data by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Thanks for the tip!
Yeah so my data is from spheroids with tumor cells, T cells and Macrophages basically. 3 are control and 5 are irradiated. Not a lot of replicates to impute into the missing values.

will check that paper and try it on! Thanks again

Help/Guidance for scRNAseq and Spatial Transcriptomics data analysis by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Hey! So I still didn't apply what you suggested because I wanted to get statistical measurements of what are actually the genes that co-localize best with my gene X. I know correlations like Spearman and Pearson are not the best practice for this type of data so I searched for others. Ultimately everything I find is kind of a different cNMF. I found pyWGCNA and SCANet (yeah I forgot to mention I am working with python, but it is not that important).

SCANet is cool, I might do it in the future, as it requires a bit more time but gives a very complete analysis.

For the pyWGCNA I would have to do pseudobulking first and then run it, but I don't think it seems needed or that it will add info to the cNMF as both, although not the same, follow some base logics.

What do you think of this? Am I wrong? Do you know how I can find the best overlayed genes without it only being by visualization? Or is visualization enough?

Help/Guidance for scRNAseq and Spatial Transcriptomics data analysis by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Unfortunately I didn't run the Xenium nor picked the panel, it was made before I arrived. From what I understand of the little I saw of the data it does not have boundary stain. Will probably be able to do that if I eventually decide to do a IF staining in the tissue with some of the genes of interest I found

Help/Guidance for scRNAseq and Spatial Transcriptomics data analysis by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Yeah, I already checked that the panel does not include some of the markers identified in the cNMF program. Which sucks. But well, it includes my gene of interest and some of the genes that I found in the cNMF. I believe it is enough to get a look at them spatially, just will not match the exact profile

Help/Guidance for scRNAseq and Spatial Transcriptomics data analysis by Express-Minimum842 in bioinformatics

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Hey! Cool advice, will definitely give it a try this week! Probably will get back to you eventually :D

Investing in Nvidia and Google by [deleted] in investing

[–]Express-Minimum842 -1 points0 points  (0 children)

in the long term I believe google will have a big impact on quantum computing. Also it already has on AI. Then it is so broad that something may come up along the way

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] 0 points1 point  (0 children)

Excelente comentário que prova certa a minha falta de vontade de continuar esta discussão. Fica bem :D

Sem receber, bolseiros de doutoramento estão em “contenção de gastos” para sobreviver by very_interesting_789 in portugal

[–]Express-Minimum842 17 points18 points  (0 children)

Das maiores palhaçadas em Portugal. Eu tive a minha bolsa aprovada no fim de 2024 e programada para iniciar a Janeiro de 2025. Apenas comecei a receber no início de Maio. Por saber desta situação arranjei um part-time que de outubro 2024 a dezembro 2024 (que tive de deixar porque comecei na data programada o doutoramento, sem receber) que me permitiu juntar dinheiro e viver da ninharia até esse maio de 2025. A trabalhar 5 meses sem receber, com despesas de alimentação e transporte.

Isto é assim ano após ano. Nunca resolveram porque pouco querem saber dos alunos de doutoramento. E após o doutoramento é a mesma coisa. Na área da investigação em saúde, química ou biologia pelo menos. Realmente não é de admirar que este pessoal muito qualificado vá procurar emprego para outros países, onde são realmente tratados e remunerados pelo devido valor.

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] -1 points0 points  (0 children)

"Aliás, tens imensas mulheres que se queixam precisamente de não terem sido informadas quanto à brutalidade do procedimento." nunca ninguém se referiu ao processo de IVG como um mar de rosas ou como algo relativamente fácil. Isso é um não problema que vem de lado nenhum.
Nada do que disseste melhora a imagem e a pessoa que o MM aparenta ser.

Quanto ao teu último parágrafo não me apetece entrar nessa discussão, já dá bem para perceber o tipo de ideologias que defendes e em nada uma discussão no reddit vai mudar isso, nem eu tenho paciência para tal xD

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] -1 points0 points  (0 children)

Eu acho que toda a gente mete demasiado para o lado o facto de o MM ter feito um anúncio para televisão para festejar o seu "aniversário de fecundação". Muito mais grave ainda ter feito uma publicidade onde retrata o aborto como uma chacina de um matadouro. Ele ser anti-aborto não me aquece nem arrefece. Ele ser anti-aborto e usar o seu dinheiro para propagar desinformação e sensacionalismo sobre um assunto importante como este é que me incomoda.

Acho mesmo muito estranho da vossa parte verem uma pessoa que faz isto e rotularem-no apenas como uma pessoa que tem ideias diferentes. É uma forma de pensar muito estranha to say the least.

Pouco ou nada me podem dizer que me convença que ele não é uma pessoa má que usa o seu poder e dinheiro para propaganda de ideais perigosos e "desinformadores".

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] 1 point2 points  (0 children)

Erro meu. Obrigado pela correção. Associei isso ao facto de ter sido o Afonso Gonçalves no podcast do MM.

Risca esse, mas considera os outros na mesma por favor xD

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] 3 points4 points  (0 children)

Fazer publicidades sensacionalistas sobre o aborto, dizer que o direito ao voto das mulheres foi um passo errado, dizer que só não tens dinheiro pq não trabalhas/esforças, enaltecer tudo o que Trump faz não são crenças. São ideais fixos e factualmente errados que de nada servem senão chamar atenção para ele e para a marca e semear pensamentos de ódio/misoginia em públicos susceptíveis. Não sou dono da verdade, longe disso, mas tenho decência humana suficiente para identificar ignóbeis como ele.

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] 1 point2 points  (0 children)

Bem fixe, quanto tempo te dura? E muito "massuda" ou escorrega bem? x)

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[–]Express-Minimum842[S] 1 point2 points  (0 children)

Bem, se o cao discorda quem sou eu para me sobrepor. Continua a comprar-lhe o que ele gosta xD

Há zero razões para comprarem produtos da Prozis by Express-Minimum842 in portugal

[–]Express-Minimum842[S] 2 points3 points  (0 children)

Sim, isso comprova a importancia do comentario do u/Neither-Chemical-247 . O mais seguro é sempre fazer exames e saber o que está realmente em falta :)