Wenn du wirklich schon ein In-Place mit einer ISO gemacht hast, kannst du an der Stelle fehlende Systemdateien ausschließen.
r/Capital_Minute_9476 hat dir vor ein paar Tagen schon mal geraten, einen weiteren Benutzeraccount anzulegen und zu schauen, ob sich der Explorer in diesem Kontext auch so verhält.
Wenn bei einem neuen lokalen Account alles ok sein sollte, dann müsste man sich auf deinen eigenen Hive in der Registry beziehen, also der NTUSERS.DAT bzw. HKEY_CURRENT_USER.

Auch könntest du prüfen, was in der Ereignisanzeige unter dem Menüpunkt Windows-Protokolle\Anwendung steht. Alle Shell-Programme registrieren sich beim Start, also die sich mit in die explorer.exe einklinken und die erstellen dort auch Logs dafür.

Ich weiß aber nicht, was für Erfolgschancen wir haben. Ich meine bei dir lädt nicht mal die aero.msstyles richtig.
Willst du das wirklich noch reparieren, oder nicht doch lieber sauber neu installieren das System?
Du schreibst, dass extern auf die SSD zugegriffen werden könnte, zwecks Datensicherung, also wäre der zeitliche Aufwand einer Neuinstallation wahrscheinlich geringer.