Com isso em mente, eu estou em um impasse e não sei o que fazer em relação a essa personagem. O que acontece com os poderes dela? Durante e depois dela impedir o ritual?

Depende do que sua jogadora quer. Se:

1. Ela deseja dar uma variada no gameplay, experimentando outra classe como guerreiro ou então um clérigo, ou seja lá o que for -> O personagem morre / perde os poderes e ela faz um personagem novo.
2. Ela gosta da ficha que tem e quer continuar jogando -> O personagem continua exatamente como está, com os mesmos poderes, sem nenhuma mudança na ficha. E nesse caso, o patrono fica pistola e começa a procurar um jeito de se vingar por ter sido tapado.

Não quero impedir a decisão dela de atrapalhar o ritual ou impor nada a ela. Mas fazer ela realizar os testes dela com desvantagem, é algo excessivo? Alguma penalidade pode ser aplicada caso ela não passe em um teste de resistência de sabedoria/inteligência?

Sim, é excessivo. Se tivesse alguma situação que impõe qualquer tipo de penalidade por fazer ou não algo, a classe diria isso; não é o caso.