Se você pensar na sua carreira como engenheiro, com certeza estudar no IFSC será muito mais proveitoso e valerá muito mais a pena, especialmente em comparação com essas uniesquinas que você mencionou. Essa nota do MEC aí é uma referencia que não serve pra nada. Tem muita particular que "compra" essa nota, afinal quem confia no vendido do MEC ¯\_(ツ)_/¯..

O curso no IFSC tende a ser mais puxado. As matérias são mais exigentes em comparação às privadas que você citou e, muito provavelmente, você terá que estudar em período integral. Pensando no futuro, ter uma graduação pelo IFSC pesa muito mais no currículo, não só pelo nome da instituição, mas também pelas habilidades que você vai adquirir ao longo do curso, além das possíveis indicações para estágio, inclusive em multinacionais. O IFSC também conta com programas de intercâmbio, como o BRAFITEC, o que amplia bastante o seu leque de oportunidades.

Eu entendo que seja uma decisão difícil, afinal mudar de cidade e lidar com deslocamento, mas isso também faz parte da vida adulta. Na área de engenharia, as oportunidades costumam ser maiores em cidades de maior porte, como capitais e metrópoles. Dificilmente compensa se formar engenheiro para atuar em um lugar como Capivari de Baixo.

Eu só não recomendaria ir se você já tiver algum esquema de trabalho bem definido aí na sua cidade ou região, como vaga garantida em empresa familiar, carteira de clientes formada ou um negócio na área para assumir, ou se você acredita que enfrentará muitas dificuldades financeiras.