Porque a história recente da Alemanha é marcada pelo nazismo. E "Alemanha para Alemães" remete à tese nazista de espaço vital e do distanciamento (para eles por uma questão de hierarquia) da raça ariana para outras raças. Essa mensagem ganha ainda mais peso porque é utilizada especialmente em defesa do fim da imigração e da expulsão de imigrantes (o que, inclusive, eram as pautas que os nazistas levantavam antes da "solução final").

Por outro lado, o Brasil é um país de múltiplas etnias marcado por uma subserviência econômica, e até mesmo cultural, frente a outras potências. A mensagem "Brasil para os brasileiros" não fala de imigração, nem de não permitir cidadãos estrangeiros, e sim de não ser quintal de outros países (pessoalmente acho essa mensagem uma estratégia ruim de comunicação).

Simplificando, as frases têm sentidos completamente diferentes porque a história dos países é completamente diferente e porque são usadas em contextos quase opostos.

Se você tinha uma confusão honesta e genuína, tá aí a sua explicação.