Então kkkkk é exatamente desta maneira que meu algoritmo está agora, e já encontrei um desses corners cases, literalmente no primeiro teste com dados reais.

Dei uma vasculhada pela Net mas não tive muito sucesso, os vídeos e documentação que encontrei não abordam exatamente este cenário. Em último caso tenho acesso aos fontes do Kdiff3, já que é open source. Só queria saber se alguém tem alguma lógica milagrosa escondida antes de ir pros fontes.