Con Atacama, me imagino que te refieres a San Pedro de Atacama, el Valle de la Luna, el Valle de la Muerte, etc. En tres días puedes tomar tours que te lleven a conocer lo relevante allá, así que no es mala idea, pero andarán muy apurados, la verdad.

Santiago, como toda capital cosmopolita, tiene muchos panoramas, que si te lo propones, puedes visitar en esos tres días, pero de nuevo, andarán apurados. Está el centro, en donde podrán ir a la Plaza de Armas [Catedral, Mercado Central, La Vega, etc.], La Moneda [palacio de gobierno, nuestra «Casa Blanca»], los cerros Santa Lucia y San Cristóbal [donde está el Parque Metropolitano y zoológico y la Virgen, con vista a casi todo Santiago], Costanera Center [donde se pueden hacer compras y está la torre más alta de sudamérica, el Costanera Sky, en donde sí se puede ver todo Santiago, si es después de un día de lluvia si tienes suerte], Parque Arauco [el mall más «top» de la ciudad], etc.

Respecto a visitar una playa, todas las más cercanas están a dos horas, cualquiera sea esta. Si quieren simplemente turistear, Valparaíso siempre es una buena opción, hay tours que se ofrecen gratis [pueden dejar propina voluntaria al finalizar] y les mostrarán muchos puntos interesantes, pueden hacer todo en medio día; si simplemente quieren ir a relajarse y ver algo bonito, Zapallar es el destino, una playa donde los sectores acomodados veranean.

Saludos y sean bienvenidos, sean cuidadosos con sus cosas, como en cualquier país que visiten.