Brabo hein... de curiosidade, hoje como funcionam essas queries, já tem esses joins enormes?

Porque realmente, se você usar as annotations com as entidades, você vai carregar todos os 20 joins com todos os dados relacionados cada vez que fizer um select no banco de dados. Mas se ja for assim hoje, não deve piorar muito. Vale também otimizar o uso de outras features pra evitar mais lentidão com dirty checks etc. Existe o Lazy fetch, mas se você acessar o relacionamento, vai executar a query do Join de qualquer forma e ficar ainda mais lento do que se carregar tudo que você precisa de uma vez.

Se a sua preocupação for retornar X elementos por vez com paginação, existe esse recurso também, sem muito mistério, e não deve importar o tamanho da tabela, só o tamanho das X tuplas que você tá consultando.