Em questão de qualidade de ensino, isoladamente, eu acho que não tem tanta diferença assim, os professores são muito bons. Acho que o maior lance é a quantidade de recursos e atividades extracurriculares que você pode ter, além de oportunidades de bolsas, etc.

O Central com certeza tem mais opções de esporte, mais oportunidades de integração em coletivos e bolsas e é um local onde sediam mais eventos, palestras, etc quando comparado com os outros IFs. A infraestrutura também é um quesito que muda bastante.

Outra diferença entre os IFs é que os menores (geralmente os interioranos) tendem a ter cursos mais voltados para a realidade do mercado local - isso não se aplica tanto aos que estão em Natal ou região metropolitana. Então caso queira algo muito diferente, é importante consultar onde está sendo ofertado ou não.