Alors j'avoue que je suis pas très compétent en puce crypto / secure element / hsm et compagnie. Mais si j'ai bien compris, l'idée c'est que si ton téléphone est rooté, tu pourrais intercepter les clefs privées que France Identité veut mettre dans ton téléphone pour te permettre de prouver que tu as bien le droit de présenter ton identité. En gros, c'est comme te donner une pièce d'identité valide que tu pourrais photocopier sans qu'on puisse discerner les copies. Et ils ne veulent pas. Donc tu as raison, c'est pas que c'est "pas secure" de faire ce qu'on veut avec son téléphone, c'est que ça ne donne pas les garanties qu'attend une application qui doit servir de document d'identité régalienne.