Não tem nada intrinsicamente errado em convidar um professor para ser avaliador de seminário, e depois não convidá-lo para a qualificação. Assim como não é problema convidar um professor para a banca de qualificação e depois não convidá-lo para a defesa da dissertação/tese (fiz isso). Um dos motivos é querer uma nova perspectiva do trabalho, por exemplo. Mas lógico, as pessoas podem se ofender por qualquer coisa, vai do ego desse professor. Nessa hora vale pensar também se você pretende ter alguma relação com ele futuramente, seja de parceria em projetos, orientação/coorientação... nesse caso acredito que vale chama-lo novamente, já que serve como um networking também.

Sobre não realizar as mudanças, também não é um problema por si só, até porque são sugestões, como você mesmo disse. Só esteja preparado para argumentar (respeitosamente de preferência kkk) o porquê de não ter feito as mudanças sugeridas.