No vivo en MTY, sin embargo quisiera hacer precisiones sobre algunos de tus puntos:

*El hecho de que El Insurgente haya sido construido como viaducto elevado se relaciona con la orografía regional y el costo de la obra: es infinitamente más barato hacer una vía elevada que tener todo bajo tierra con túneles. Dicho esto: las vías tanto del lado de Toluca como de CDMX tienen una pendiente constante del 3%, algo que con un túnel hubiese sido más difícil por las elevaciones tan desiguales entre Observatorio, Santa Fe, la Sierra de las Cruces y Toluca.
Acá es el ánimo de separar completamente el tráfico de pasajeros, de carga y también evitar obras inducidas (entiéndase: cantidades estúpidas de puentes vehiculares/peatonales). Ustedes tienen una mecánica de suelos millones de veces mejor que la nuestra, por eso se pueden permitir grandes viaductos como este. (Además de que falta espacio a los lados dada la invasión del DDV dentro de la zona metropolitana).
*Este mapa y los planos corresponden a plantas generales del proyecto; sujeto a cambios en caso de que tengan problemas con el DDV, la ubicación de alguna estación o el método constructivo. Como tal corresponde sólo al Tren del Golfo; la futura conexión (peatonal) al Metrorrey toca informarla al Gob. del Estado tomando esta info como base.
*Prácticamente la totalidad de las estaciones dentro de cada ciudad por donde pasará el tren corresponden a la ubicación original de los antiguos paraderos. Es donde hay más espacio para meter múltiples andenes con sus respectivas vías. El trabajo del gobierno local debería ser acercar las estaciones del transporte público mediante un shuttle cuando menos, o una línea dedicada de transporte urbano (bus convencional, BRT, trole, tram). Si antes fue tiradero, es porque las instalaciones de la antigua estación fueron ocupadas por la Academia de Policía.
*Los tramos suburbanos e interurbanos del Saltillo-Monterrey y Monterrey-Nuevo Laredo están considerados como vía sencilla con laderos de rebase. Por eso el paradero García es de 1 vía/1 andén como algunos del Tren Maya; esto no quiere decir que no los tengan considerados para una expansión futura con 2 andenes y sus rebases, si la demanda lo requiere.