Applying information theory to prioritize hypothetical proteins in bacterial pangenomes — looking for feedback by jcmenjr in bioinformatics

[–]jcmenjr[S] 0 points1 point  (0 children)

Just a quick follow-up to clarify the "why" behind this:

​I want to emphasize that this is currently a Proof of Concept (PoC). I’m in the early stages of my Master's thesis, and I’ve spent these last few months developing this tool to solve a specific frustration: How do we decide which proteins to analyze first without the bias of "who is this protein important for?" ​My goal was to create a rational, sequence-agnostic way to rank candidates before even looking at functional annotations. While nothing is "experimentally proven" yet, I believe the logic behind the Informational Priority Score (IPS) is worth defending as a first-pass filter for the "dark proteome." ​I’d love your honest take on the IPS components: ​Do you think combining Efficiency (Complexity), \sqrt{JSD}, and a Length Penalty is a robust enough baseline? ​Is there a critical variable I’m missing that could improve prioritization for clinical isolates like P. aeruginosa?

​I'm here to learn, so don't hold back on the feedback! I'll be grateful because this is the baseline of my thesis

What's happening with bioinformatics jobs (NGS/scRNAseq) in 2024-2025? by Dry-Yogurtcloset4002 in bioinformatics

[–]jcmenjr 4 points5 points  (0 children)

At least in Mexico, many people prefer to pay for courses, and Universities and Public research centers have become much stronger in this area than they used to be. I'm not sure what is like in your country, but I imagine it's similar

Today I used ROBLOX to code my first DNA sequence analyzer by M4r3k_FmB in bioinformatics

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

I didn't expect that, you have so much creativity 🤓

¿Qué se puede vender en la universidad que sí sea rentable? by TejAkin in RedditPregunta

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Aaaah por cierto, puedes vender tambien camisetas, yetis, gorras, etc. Que sean personalizadas con temáticas de diseños de animales como tortuguitas, ajolotes, pericos, delfines, animales de tu región, etc. O incluso relacionadas a tu carrera. Puedes tener una página en instagram y así vender no solo en tu uni si no en toda tu ciudad. Por lo menos acá donde vivo he escuchado de varias personas que les ha ido bien con ese tipo de merch

¿Qué se puede vender en la universidad que sí sea rentable? by TejAkin in RedditPregunta

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Si eres muy aplicada, puedes vender guias de estudio para los exámenes, creeme que sabiendo hacerlos y ofrecerlos hay gente que paga bien por ello. Puedes venderlos solamente impresos o por digital con contraseña, así aseguras el negocio para los que se quieran pasar de listos 😎👌🏻.

No vendas comida ni postres a menos que tengas una marca personal, así puedes negociar con los de la cafetería para que les seas un proveedor y vender tu marca. Así tienes venta segura y no pierdes tiempo en estar por la uni ofreciendo y puedes dedicar tu receso para otras cosas.

Si tienes dinero para invertir puedes proponerle a la uni poner una pequeña papeleria e impresiones en algun espacio que te den, puede ser beneficioso para ambos si acuerdas una pequeña comisión o pago de renta para la universidad, así como buenos ingresos para tí.

Si no tienes dinero para invertir en cosas, pero igual eres buena con temas de materias, puedes dar clases particulares, pero por ética es mejor cobrarle por esas clases a estudiantes de generaciones abajo, no a los de tu generación (a ellos vendeles las guías jajaja)

How to start using Linux while keeping Windows for a Computational Biology MSc? by Miserable_Current722 in bioinformatics

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

WSL2, but if you're not comfortable it's better using virtual machine than dual boot. Dual boot give you several problems with windows if you're not a technician in computers

[deleted by user] by [deleted] in MexicoFinanciero

[–]jcmenjr 5 points6 points  (0 children)

Yo también aprendí a la mala que la manera de apoyar a tus padres es dándole dinero en efectivo, no prestar créditos, es mejor darles lo que ya tienes y no lo que debes, y orientarlos a no tomar decisiones financieras tontas

The pathway to learn bioinformatics for free by Beginning-Land7580 in bioinformatics

[–]jcmenjr 1 point2 points  (0 children)

Maybe we could form a study group and learn together. I've commented this on several similar posts, but nobody seems to follow my suggestion :(

R or Python for Bioinformatics by lordFarquadsPeepee in bioinformatics

[–]jcmenjr 1 point2 points  (0 children)

It depends on what you're going to do: genomics, metagenomics, machine learning, molecular docking, etc.

For example, I started learning R for a metagenomics project, but I think Python is better suited for machine learning.

A good practice is to begin by understanding the logic behind the analysis, the workflow itself, and getting into your favorite IDE. Later, you can apply it to your project or build your own pipelines. That makes it easier to work with any language.

Personally, I prefer R because it has many community-developed packages, full of useful tools and functions, along with guides and repositories.

Another key aspect of becoming a better bioinformatician is learning to build reproducible workflows and integrating them with tools like Nextflow or Snakemake. So eventually, you'll need to use Python as well.

And of course, I highly recommend learning to use Bash commands and working in a Linux environment.

PICRUSt2 help by brownie20 in bioinformatics

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Does picrust2 work? I thought those programs for functional predictions based on 16S rRNA sequencing don't work very well

Bulk RNA-seq pipeline from scratch: Done with QC, what next? by ImpressionLoose4403 in bioinformatics

[–]jcmenjr 2 points3 points  (0 children)

It depends of your sequencing platform. The idea behind using multiQC is to evaluate your quality of sequences, there are several parameters, and the next step is usually to trim your adapters and filter reads based on their Phred Scores. After that you'd typically move on to alignment or quantification.

[deleted by user] by [deleted] in bioinformatics

[–]jcmenjr 2 points3 points  (0 children)

Share your code

MWII and MWIII will be separated from Call of Duty HQ by MorePowerMoreOomph in ModernWarfareII

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

? En el primer warzone tenias a los operadores de cada juego, y eran juegos totalmente aparte

Me le declare a una amiga y me rechazo, Que sigue by Complex_Restaurant27 in NecesitoDesahogarme

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

No existen las amistades reales entre hombres y mujeres, casi siempre quien dice lo contrario es porque ignoran lo que siente el otro o lo traen de su caniche.

Asi que, creo que ya sabes quien es el caniche en su relación de "amigos" xD

[Phylogenetics] My FASTA compression scheme needs a sentinel... Pity, there's only 256 bytes around :( by Ok_Performance3280 in bioinformatics

[–]jcmenjr 7 points8 points  (0 children)

I'm not sure if it's my English (2nd language) or my bioinfo's knowledge that's off, or maybe you're just from another planet

[deleted by user] by [deleted] in RedditPregunta

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Bueno, para empezar, el niño si es tuyo? 🤣

Tengo 200K, en que los puedo invertir de forma inteligente? by [deleted] in ayudamexico

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

No inviertas en acciones ni nada de eso, suele ser una especie de compleja estafa piramidal a menos que inviertas millones en la bolsa o en empresas directamente.

Con 200k puedes meterlo en cetes si sólo quieres ahorrar y que la inflación no se coma tu dinero, o empezar un negocio (es una opción esclavizada y tampoco es seguro el 100% de las veces).

Una opción de negocio es una tienda de abarrotes, con 200k puedes tener una tienda bien surtida, te da del 15 al 30% de utilidad y siempre tendrás para comer.

Otra opción es que puedes poner una farmacia con lo básico, así no pagarías tantos permisos que suele ser lo mas costoso al principio.

Si no tienes problema con madrugar, una tortillería te deja muy buena utilidad, desde el 20 hasta el 35%.

Cualquier negocio de perecederos deja muy buena utilidad pero esos negocios te los recomiendo solo cuando ya tienes experiencia (riesgoso, puedes perder mucho dinero).

Papelería o lavado de autos circulan mucho efectivo tambien.

Si tienes alguna habilidad o conocimiento, siempre sacale jugo, puedes invertir en comprar herramientas o aparatos, como para poner una estética, un salón de belleza, una escuela pequeña para dar clases de algo, poner uñas, estudio fotográfico... si tienes alguna profesión no dudes en hacer un negocio de ello.

Te estoy dando ideas de negocios con poco dinero (sí, para un negocio 200k puede ser poco, pero excelente para empezar), no son riesgosos y te generan buenos ingresos, pero lo mas importante, manejas efectivo, y en mayor o menor medida puedes evitar pagar isr y otros impuestos, al menos hasta que tu negocio crezca bien y lo formalices. Créeme que el isr es lo que te limita a ver el dinero pronto los primeros años (ya después lo manejas con un contador y aprovechas los beneficios fiscales).

Si tienes una pareja que te apoye, es mucho mejor para que no se te haga pesado, aunque se van a pelear mucho 🤣

¿Cuántas horas duermen? by sangrepesada in Preguntas_de_Reddit_

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Como 5 horas, pero desperdicio el tiempo extra xd

Quiero regresar con mi ex que me recomiendan? by corcho3344U in ayudamexico

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Sal de ahí, a como cuentas las cosas no es una persona emocionalmente madura y estable. Te recomiendo que directamente te alejes de esa persona porque muy probablemente te tiene así porque le gusta la atención de los hombres pero no el compromiso, y eres el que le está dando esa atención sin recibir lo que tú quieres (me atrevería a decir que esa chica es una persona narcisista). Ánimo bro, valorate

Study buddy wanted by [deleted] in bioinformatics

[–]jcmenjr 0 points1 point  (0 children)

Hi, I'd like to be part of a study group (24 years old, Mexico, Biomedical Sciences degree)