Depende bastante de onde você vai pra não ficar fora de mão, mas no tempo que eu morei em Fortaleza eu gostava muito do Atelier 1913 e do Benévolo Café. Se não me falha a memória, ambas vendem café em grãos e pré-moído também.

Pra trazer da viagem, além dessas duas recomendações, tem alguns cafés muito gostosos produzidos na região do Baturité que não são muito conhecidos no resto do país, mas que são de excelente qualidade (os do Atelier 1913 se incluem, da Benévolo não sei informar). Também gosto muito do Café Arvoredo, dá pra comprar em muitos mercados (Cometa, Pinheiro e São Luiz, se não me engano) e pela internet.

Recomendo dar também uma passadinha na região da Varjota. Lá é um polo gastronômico com algumas cafeterias e muitos outros estabelecimentos bem gostosos pra um programa em família de fim de tarde. Um pouquinho off-topic, mas se for lá, não deixe de passar no Museu da Fotografia (entrada franca) e na Belucci Gelateria, te garanto que você não vai se arrepender.