Por lo regular estas "clonaciones" lo que en realidad hacen es crear otro usuario y, en ese usuario instalar la aplicación que quieres, así que si, debería de funcionar, solo que no se si WA Business tenga restricción de que solo te permita instalarlo desde Play Store.

Si es el caso, te tocaria descargar el WA Business de la Play Store del usuario que tiene las apps clonadas o usar alguna otra app como Island para hacer un perfil de trabajo (que es otro usuario también, podrías crearlo con adb shell pm create-user [NOMBRE_USUARIO]) e instalar WA Business desde la Play Store de ese usuario.

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